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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ybo | ||||||
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タイトル | RT structure of Glucose Isomerase obtained at 1.06 A resolution from crystal grown in a Kapton microchip. | ||||||
要素 | Xylose isomeraseキシロースイソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / D-XYLOSE KETOL ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 キシロースイソメラーゼ / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces rubiginosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å | ||||||
データ登録者 | Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Attaining atomic resolution from in situ data collection at room temperature using counter-diffusion-based low-cost microchips. 著者: Gavira, J.A. / Rodriguez-Ruiz, I. / Martinez-Rodriguez, S. / Basu, S. / Teychene, S. / McCarthy, A.A. / Mueller-Dieckman, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ybo.cif.gz | 228.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ybo.ent.gz | 154.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ybo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, キシロースイソメラーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 10% w/v PEG 1K, 0.1 M Hepes pH 7.0 / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293.5 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日 詳細: Be CRL lenses for vertical focusing and Rh/Pt/Si coated ellipitcal mirror for horizontal focusing |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→41.12 Å / Num. obs: 200000 / % possible obs: 92.32 % / 冗長度: 7.93 % / Biso Wilson estimate: 13.05 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.09 Å / Num. unique obs: 8688 / CC1/2: 0.614 / % possible all: 40.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4A8I 解像度: 1.06→41.12 Å / SU ML: 0.091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.0028
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.06→41.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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