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万見
- PDB-6y96: solution structure of cold-shock domain 9 of drosophila Upstream ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y96
タイトルsolution structure of cold-shock domain 9 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr)
要素Upstream of N-ras, isoform A
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / CSD / RBP
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Upstream of N-ras, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sweetapple, L.J. / Hollmann, N.M. / Simon, B. / Hennig, J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Pseudo-RNA-Binding Domains Mediate RNA Structure Specificity in Upstream of N-Ras.
著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Masiewicz, P. / Guitart, T. / Simon, B. / Provaznik, J. / Stein, F. / Haberkant, P. / Sweetapple, L.J. / Villacorta, L. / Mooijman, D. / Benes, V. / ...著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Masiewicz, P. / Guitart, T. / Simon, B. / Provaznik, J. / Stein, F. / Haberkant, P. / Sweetapple, L.J. / Villacorta, L. / Mooijman, D. / Benes, V. / Savitski, M.M. / Gebauer, F. / Hennig, J.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Upstream of N-ras, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2471
ポリマ－10,2471
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Upstream of N-ras, isoform A


分子量: 10246.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the first two residues (GA) are leftovers from the cleavage/cloning sequence
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Unr, BcDNA:LD13080, CR32028, Dmel\CG7015, dUNR, MRE30, UNR, unr, CG7015, Dmel_CG7015
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VSK3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
182isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
171isotropic13D HBHA(CO)NH
162isotropic23D (H)CCH-TOCSY
192isotropic22D 1H-1H NOESY
1112isotropic23D 1H-13C NOESY
1101isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.24 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2OdCSD9_H2O95% H2O/5% D2O
solution20.24 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2OdCSD9_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.24 mMprotein[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.24 mMprotein[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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