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- PDB-6x63: Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6x63
タイトルAtomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR
要素HIV-1 capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / magic angle spinning NMR / HIV-1 capsid / CA protein assemblies / HIV-AIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法個体NMR / data-guided molecular dynamics
データ登録者Lu, M. / Russell, R.W. / Bryer, A. / Quinn, C.M. / Hou, G. / Zhang, H. / Schwieters, C.D. / Perilla, J.R. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50AI1504817 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE0959496 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110758 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD012213 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structure of HIV-1 capsid tubes by magic-angle spinning NMR.
著者: Lu, M. / Russell, R.W. / Bryer, A.J. / Quinn, C.M. / Hou, G. / Zhang, H. / Schwieters, C.D. / Perilla, J.R. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年11月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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A: HIV-1 capsid protein
B: HIV-1 capsid protein
C: HIV-1 capsid protein
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F: HIV-1 capsid protein
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9E: HIV-1 capsid protein
AF: HIV-1 capsid protein
BF: HIV-1 capsid protein
CF: HIV-1 capsid protein
DF: HIV-1 capsid protein
EF: HIV-1 capsid protein
FF: HIV-1 capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,688,301378
ポリマ－9,688,301378
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, TEM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 87inner turns of helical assembly
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 ...
HIV-1 capsid protein


分子量: 25630.426 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL4-3 / 遺伝子: Gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493

-
実験情報

-
実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1Exp1 CORD50ms
121isotropic2Exp2 CORD500ms
131isotropic4Exp3 DARR50ms
141isotropic1Exp4 NCA
151isotropic4Exp5 NCA
161isotropic1Exp6 NCACX
171isotropic4Exp7 NCACX
181isotropic1Exp8 NCOCX
191isotropic2Exp9 NCOCX3d
1101isotropic2Exp10 CONCA3d
1111isotropic4Exp11 NCACX3d
1121isotropic4Exp12 NCOCX3d
1132isotropic1Exp13 CORD10ms
1142isotropic1Exp14 CORD20ms
1152isotropic1Exp15 CORD50ms
1162isotropic1Exp16 CORD100ms
1172isotropic1Exp17 CORD200ms
1182isotropic1Exp18 CORD300ms
1192isotropic1Exp19 CORD400ms
1202isotropic1Exp20 CORD500ms
1212isotropic2Exp21 CORD500ms
1222isotropic1Exp22 NCACX
1233isotropic3Exp23 CORD25ms
1243isotropic3Exp24 CORD500ms
1253isotropic1Exp25 CORD500ms
1263isotropic1Exp26 PAINCP
1274isotropic2Exp27 CORD25ms
1285isotropic2Exp28 R211
1295isotropic2Exp29 REDOR1ms
1305isotropic2Exp30 REDOR1.6ms
1315isotropic2Exp31 REDOR2ms
1326isotropic1Exp32 CORD50ms
1336isotropic1Exp33 PDSD1s
1347isotropic1Exp34 CORD50ms
1358isotropic2Exp35 CORD500ms
1369isotropic1Exp36 NHHC3ms
1379isotropic1Exp37 NHHC5ms

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
gel solid1100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solidU-13C,15N-CAsolid
gel solid2100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid1,6-13C-Glu,U-15N-CAsolid
gel solid3100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid2-13C-Glu,U-15N-CAsolid
gel solid4100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid13C,15N-His-CAsolid
gel solid5100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid13C,15N-Tyr-CAsolid
gel solid650 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid, solidmixed-Ala/Ile-CAsolid
gel solid750 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid, solidmixed-Ala/Val-CAsolid
gel solid886 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid, solidDiluted-CAsolid
gel solid950 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid, solidmixed-13C/15N-CAsolid
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 %HIV-1 capsid protein[U-13C; U-15N]1
100 %HIV-1 capsid protein[1,6-13C]-Glucose,U-15N2
100 %HIV-1 capsid protein[2-13C]-Glucose,U-15N3
100 %HIV-1 capsid protein13C,15N-His4
100 %HIV-1 capsid protein13C,15N-Tyr5
50 %HIV-1 capsid protein13C,15N-Ala6
50 %HIV-1 capsid13C,15N-Ile6
50 %HIV-1 capsid protein13C,15N-Ala7
50 %HIV-1 capsid13C,15N-Val7
86 %HIV-1 capsid proteinnatural abundance8
14 %HIV-1 capsidU-13C,15N-CA8
50 %HIV-1 capsid protein[U-13C]9
50 %HIV-1 capsid[U-15N]9
試料状態イオン強度: 2.4 M / Label: tubes / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NAMD2.13James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kale, and Klaus Schultenstructure calculation
精密化手法: data-guided molecular dynamics / ソフトェア番号: 8
詳細: Authors state that a single set of chemical shifts, distance restraints, and dihedral angle restraints was used for all chains in the CA tube structure refinement. Due to this, the ...詳細: Authors state that a single set of chemical shifts, distance restraints, and dihedral angle restraints was used for all chains in the CA tube structure refinement. Due to this, the completeness of resonance assignments is not calculated correctly by the PDB validation tool. For correct assignment metrics, please refer to PDB entry 6WAP.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: inner turns of helical assembly
計算したコンフォーマーの数: 87 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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