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- PDB-6ww5: Structure of VcINDY-Na-Fab84 in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ww5
タイトルStructure of VcINDY-Na-Fab84 in nanodisc
要素
  • DASS family sodium-coupled anion symporter
  • Fab84 Heavy Chain
  • Fab84 Light Chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Transporter (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate transmembrane transporter activity / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Citrate transporter-like domain / Citrate transporter / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / ヘキサン / オクタン / Transporter, NadC family / Transporter, NadC family
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Sauer, D.B. / Marden, J. / Song, J.M. / Koide, A. / Koide, S. / Wang, D.N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK099023 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the reaction cycle of DASS dicarboxylate transporters.
著者: David B Sauer / Noah Trebesch / Jennifer J Marden / Nicolette Cocco / Jinmei Song / Akiko Koide / Shohei Koide / Emad Tajkhorshid / Da-Neng Wang /
要旨: Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the ...Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the cell by the divalent anion sodium symporter (DASS) family of plasma membrane transporters, which contains both cotransporters and exchangers. While DASS proteins transport substrates via an elevator mechanism, to date structures are only available for a single DASS cotransporter protein in a substrate-bound, inward-facing state. We report multiple cryo-EM and X-ray structures in four different states, including three hitherto unseen states, along with molecular dynamics simulations, of both a cotransporter and an exchanger. Comparison of these outward- and inward-facing structures reveal how the transport domain translates and rotates within the framework of the scaffold domain through the transport cycle. Additionally, we propose that DASS transporters ensure substrate coupling by a charge-compensation mechanism, and by structural changes upon substrate release.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21928
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DASS family sodium-coupled anion symporter
B: DASS family sodium-coupled anion symporter
C: Fab84 Heavy Chain
E: Fab84 Heavy Chain
F: Fab84 Light Chain
D: Fab84 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,40212
ポリマ－204,1806
非ポリマー1,2226
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18750 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area66520 Å2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "F"
d_2ens_3chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUGLNA1 - 445
d_21ens_1LEUGLNB1 - 445
d_11ens_2GLULYSC1 - 228
d_21ens_2GLULYSD1 - 228
d_11ens_3METGLYE1 - 209
d_21ens_3METGLYL1 - 209

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DASS family sodium-coupled anion symporter / Transporter / NadC family


分子量: 48157.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC0395_0108, GG844_00510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AG83, UniProt: Q9KNE0*PLUS

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抗体 , 2種, 4分子 CEFD

#2: 抗体 Fab84 Heavy Chain


分子量: 28009.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab84 Light Chain


分子量: 25923.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-6PE / 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / [O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル]アニオン


分子量: 410.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#6: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of VcINDY and Fab84 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 826

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18_3855精密化
PHENIX1.18_3855精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC2.12CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC2.12初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.12分類
13cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92239 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 5UL9

5ul9

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 57.58 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.012613692
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.934318630
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06262198
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00832304
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.63171896
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712566409578
ens_2d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709774174697
ens_3d_2EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0791440733326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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