PDB-6vdi: Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vdi

タイトル

Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with sulfate.

要素

lactate dehydrogenase

乳酸脱水素酵素

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Nucleotide Binding (ヌクレオチド) / Rossman Fold /

Ancestral Reconstruction

機能・相同性

L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain /

Alpha-Beta Complex /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Apicomplexa sp. (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Theobald, D.L. / Wirth, J.D. / Classen, S. / Perlmutter, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of Bifunctionality in an Ancestral Apicomplexan Malate/Lactate Dehydrogenase
著者: Theobald, D.L. / Wirth, J.D. / Classen, S. / Perlmutter, N.

履歴

登録	2019年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vdi.cif.gz	398.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vdi.ent.gz	279.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vdhC 6vdjC 4plgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j9u-2 6vdh-1 4plh-d 4b7u-d 4lmr-1 4ply-1 6r8g-d 7bya-d 6vdj-1 1pze-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lactate dehydrogenase

B: lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lactate dehydrogenase

B: lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: lactate dehydrogenase

B: lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, fluorescence resonance energy transfer
144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.700, 84.700, 196.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	lactate dehydrogenase / 乳酸脱水素酵素分子量: 35905.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with sulfate bound 由来: (組換発現) Apicomplexa sp. (真核生物) / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20mg/mL protein, 2mM NADH4; well solution: 7% v/v 2-Propanol, 1.8M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.686→48.975 Å / Num. obs: 85995 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 2.66 % / B_iso Wilson estimate: 48.77 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 2.71
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 1.55 % / Mean I/σ(I) obs: 0.04 / Num. unique obs: 30551 / CC_1/2: 0.013 / R_rim(I) all: 11.516 / % possible all: 34.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PLG

4plg

解像度: 2.1→48.79 Å / SU ML: 0.3627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.0001
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2731	1101	2.32 %
R_work	0.2426	46277	-
obs	0.2433	47378	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4760	0	10	86	4856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	4839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9707	6547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0492	768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	839
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9493	661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.2	0.4176	123	0.3978	5093	X-RAY DIFFRACTION	87.71
2.2-2.31	0.5303	133	0.5153	5618	X-RAY DIFFRACTION	96.03
2.31-2.46	0.3176	137	0.3156	5823	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.46-2.65	0.3362	140	0.2952	5860	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.65-2.91	0.3263	140	0.2802	5870	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.91-3.33	0.3162	137	0.2601	5887	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.33-4.2	0.2485	143	0.2249	5917	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.2-48.79	0.2228	148	0.1917	6209	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.94028934668	0.923198885934	-0.68282579432	2.06568504345	-0.392221042189	2.16741782841	0.161924321174	-0.145008528824	0.382497394214	0.380379917295	0.0169691325493	0.185469352844	-0.253673536997	-0.481762163026	-0.0791096425855	0.614506144301	0.04174807461	0.10084146683	0.46307437825	0.0015938070338	0.47281660519	37.0077631013	9.75981969939	-17.0935564897
2	2.60427072969	-0.285906319107	0.689165727626	1.36290173785	-0.138076344869	2.00172828714	-0.0267230063231	0.0725019914843	-0.277073282436	0.47741027919	-0.0054781343512	0.374374804679	0.435791879398	-1.22936985385	-0.0854905208073	0.750712715019	-0.166563119118	0.170632726886	0.778221845261	0.0445465762342	0.604142082313	30.9802210844	-3.25231260377	-9.07277798107
3	1.97059537111	-0.166034025643	0.0124719914497	1.60105221541	0.64261139924	2.36143832962	0.125186390332	-0.37441954002	-0.228376931817	0.341323607898	-0.0588889637194	0.00733221901628	0.505037442418	0.314527624184	-0.150558176289	0.782034437328	-0.0657663423033	-0.0949951817252	0.472933239293	0.0467736101647	0.467688970504	56.3941318706	-15.051538502	-9.85726810131
4	1.68378640029	-0.465482076472	0.680909545862	1.0296221808	-0.702801455853	2.47634001303	0.163203238093	-0.291981034653	-0.00047789036625	0.331612066135	-0.04830772883	0.213288131682	-0.0294945436936	-0.123515326649	-0.102536387333	0.653036548203	-0.0875351401546	0.0718564103023	0.360877788357	-0.0216351369009	0.446459923136	45.0967347428	-2.89875619556	-13.5348144642
5	0.979861205735	-0.307085824338	-0.603474187877	1.26641131322	0.366160656222	1.82268375583	-0.0516673097336	-0.291639102013	-0.200695606722	0.448709284804	0.0112535568667	0.209937194482	0.538238913111	-0.124709224087	-0.102561539516	0.838834123063	-0.23966117648	0.103017403765	0.615072491466	0.0370126779811	0.558792045199	35.8160883877	-13.7429379532	-4.16512620259
6	1.53770693012	0.442588498001	0.121593227077	1.53011680826	-0.45550666879	1.94567270666	0.144689886889	-0.0933460756538	0.0801319851832	0.376481181223	-0.0911903750401	-0.0956465685039	-0.0654449281196	0.262482763974	-0.13750039438	0.625094110444	-0.0869850503782	-0.0422616379702	0.426869249125	-0.0572806378405	0.452402933927	62.2434354591	5.56019063459	-17.1539714564
7	2.83177314341	0.635950637181	1.0977763103	1.18450725824	-0.0827781749664	2.56161502126	0.0987511251335	-0.0762363778172	0.503271611575	0.204598669974	-0.0830323869108	-0.235645783452	-0.702793596679	0.521417670657	-0.0856641476543	0.689632862026	-0.165167505388	0.0641437961605	0.420415164167	-0.0940167817867	0.535928762429	66.4809802811	19.9378855641	-21.5207076761
8	2.09624712263	0.181336551175	-0.279724031854	1.92531374765	0.657489182233	2.01717558489	0.130994628945	-0.129078237514	0.516343227877	-0.328713434709	-0.0604921533936	0.173990478447	-1.36014007862	0.0887549234304	-0.0382538082537	0.891863441723	0.0810412813584	0.0677242576687	0.312300946886	0.00130021845385	0.605817774151	47.580575415	27.8173988434	-39.2864888144
9	1.77949700448	-0.899347356751	0.491569027912	1.61365506085	0.0360269249868	2.49792146476	0.0404477235488	-0.0878526616235	0.260508437772	0.0235128437296	0.149989546306	-0.0248948734441	-0.63957234074	0.238392709068	-0.108698209354	0.6912986568	-0.130324878037	0.0634797754155	0.29906449813	-0.0703085720642	0.511971595271	58.72763708	18.68109929	-27.9524302902
10	0.494832264874	-0.122155946726	0.72087325754	1.38812043376	0.579159787304	1.82928540108	-0.0411598186309	0.199348533029	0.636697508913	0.0226341342302	0.00910314805733	-0.428199609863	-0.917244041522	0.415727043978	-0.0879798720492	0.98832231997	-0.254671079501	0.136261730718	0.627805374429	-0.0194013080296	0.705565858189	67.7816705614	31.5800191857	-34.9788368712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 132 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 133 through 155 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 156 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 227 through 271 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 272 through 326 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 6 through 58 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 59 through 171 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 172 through 226 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 227 through 271 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 272 through 325 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)