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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uu2 | |||||||||
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タイトル | E. coli sigma-S transcription initiation complex with 3-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP and ATP for 30 minutes) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA/RNA / Transcription initiation (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / DNA promoter / transcription bubble / de novo RNA synthesis / DNA scrunching / sigma-S factor / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.404 Å | |||||||||
データ登録者 | Zuo, Y. / De, S. / Steitz, T.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Iscience / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into Transcription Initiation from De Novo RNA Synthesis to Transitioning into Elongation. 著者: Zuo, Y. / De, S. / Feng, Y. / Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uu2.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uu2.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6uu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uu2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6utvC 6utwC 6utxC 6utyC 6utzC 6uu0C 6uu1C 6uu3C 6uu4C 6uu5C 6uu6C 6uu7C 6uu8C 6uu9C 6uuaC 6uubC 6uucC 5iplS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 AAABBBCCCDDDEEE
#1: タンパク質 | 分子量: 26899.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA_1, NCTC9962_06804 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377D9Q8, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V4, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, ポリメラーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 111222
#6: DNA鎖 | 分子量: 15313.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 15562.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FFF333
#5: タンパク質 | 分子量: 38777.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoS, appR, katF, nur, otsX, sigS, b2741, JW5437 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13445 |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 1134.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 5分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, sodium chloride, HEPES / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.4→49.7 Å / Num. obs: 29564 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.01 |
反射 シェル | 解像度: 4.4→4.67 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 4362 / CC1/2: 0.11 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IPL 解像度: 4.404→49.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 592.401 / SU ML: 2.887 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.68 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 299.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.404→49.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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