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- PDB-6utv: E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6utv | |||||||||
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Title | E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Fresh" crystal soaked with CTP, UTP, GTP, and ddATP for 150 seconds) | |||||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/RNA / Transcription initiation / RNA polymerase / DNA promoter / transcription bubble / de novo RNA synthesis / DNA scrunching / sigma-S factor / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | |||||||||
Function / homology | ![]() bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / response to stress / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / response to stress / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zuo, Y. / De, S. / Steitz, T.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Insights into Transcription Initiation from De Novo RNA Synthesis to Transitioning into Elongation. Authors: Zuo, Y. / De, S. / Feng, Y. / Steitz, T.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6utwC ![]() 6utxC ![]() 6utyC ![]() 6utzC ![]() 6uu0C ![]() 6uu1C ![]() 6uu2C ![]() 6uu3C ![]() 6uu4C ![]() 6uu5C ![]() 6uu6C ![]() 6uu7C ![]() 6uu8C ![]() 6uu9C ![]() 6uuaC ![]() 6uubC ![]() 6uucC ![]() 5iplS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules AAABBBCCCDDDEEE
#1: Protein | Mass: 26899.572 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A377D9Q8, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | | Mass: 150820.875 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 Production host: ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 155366.781 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 10118.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Synthetic DNA 50-MER ... , 2 types, 2 molecules 111222
#6: DNA chain | Mass: 15313.812 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#7: DNA chain | Mass: 15562.970 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules FFF333
#5: Protein | Mass: 38777.602 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#8: RNA chain | Mass: 2052.132 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 5 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
#9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-DPO / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: PEG3350, sodium chloride, HEPES / Temp details: Room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.45→49.3 Å / Num. obs: 63761 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.95 |
Reflection shell | Resolution: 3.45→3.66 Å / Redundancy: 12.24 % / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 10006 / CC1/2: 0.216 / % possible all: 98.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5IPL Resolution: 3.45→49.279 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 202.508 / SU ML: 1.208 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.848 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 180.678 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.45→49.279 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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