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万見
- PDB-6u2h: BRAF dimer bound to 14-3-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u2h
タイトルBRAF dimer bound to 14-3-3
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードSIGNALING PROTEIN/Transferase / BRAF / 14-3-3 (14-3-3タンパク質) / kinase (キナーゼ) / complex / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi reassembly / regulation of synapse maturation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of Golgi localization / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN ...Golgi reassembly / regulation of synapse maturation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of Golgi localization / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / Rap1 signalling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / negative regulation of protein localization to nucleus / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / GP1b-IX-V activation signalling / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / MAP kinase kinase kinase activity / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / negative regulation of innate immune response / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein sequestering activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Negative regulation of NOTCH4 signaling / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / メラノソーム / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell differentiation in thymus / cell body / regulation of cell population proliferation / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / blood microparticle / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / cadherin binding / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...14-3-3 domain / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29L / Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liau, N.P.D. / Hymowitz, S.G. / Sudhamsu, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Negative regulation of RAF kinase activity by ATP is overcome by 14-3-3-induced dimerization.
著者: Liau, N.P.D. / Wendorff, T.J. / Quinn, J.G. / Steffek, M. / Phung, W. / Liu, P. / Tang, J. / Irudayanathan, F.J. / Izadi, S. / Shaw, A.S. / Malek, S. / Hymowitz, S.G. / Sudhamsu, J.
履歴
登録2019年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7646
ポリマ－119,0954
非ポリマー6692
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area46160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.504, 115.752, 153.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26460.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 33086.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-29L / 2-{4-[(1E)-1-(hydroxyimino)-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl]-3-(pyridin-4-yl)-1H-pyrazol-1-yl}ethanol / GDC-0879


分子量: 334.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 6000 Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→34.454 Å / Num. obs: 72587 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08109 / Net I/σ(I): 13.91
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 1.718 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 26121 / CC1/2: 0.528 / % possible all: 99.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829_final精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MNF, 5NAS

4mnf

5nas


解像度: 2.5→34.454 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 2947 4.06 %
Rwork0.2197 69640 -
obs0.2215 72587 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.51 Å2 / Biso mean: 95.6009 Å2 / Biso min: 38.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→34.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8090 0 50 21 8161
Biso mean--75.18 76.77 -
残基数----1011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34511159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1663174
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.5410.421410.3954327397
2.541-2.58480.37661410.37063317100
2.5848-2.63180.37041420.36663328100
2.6318-2.68240.37451410.34563374100
2.6824-2.73710.35521390.33883268100
2.7371-2.79660.32581410.3234331498
2.7966-2.86170.37491440.3174327199
2.8617-2.93320.37391420.30283324100
2.9332-3.01240.31091380.29673310100
3.0124-3.1010.33591450.27933356100
3.101-3.20110.36681350.2783359100
3.2011-3.31540.32241380.2663269100
3.3154-3.4480.34281380.24823369100
3.448-3.60480.26171440.24423330100
3.6048-3.79460.24431350.2177326698
3.7946-4.0320.2341420.20943330100
4.032-4.34280.22891420.1823328100
4.3428-4.77880.21771400.1683336100
4.7788-5.46790.26311390.1872330298
5.4679-6.880.21971430.20513314100
6.88-34.4540.21681370.1644330299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.3088 Å / Origin y: 116.2711 Å / Origin z: -16.1859 Å
111213212223313233
T0.3638 Å20.0959 Å2-0.0189 Å2-0.39 Å20.0426 Å2--0.4755 Å2
L0.5504 °20.1525 °2-0.0448 °2-0.4319 °20.1729 °2--1.1888 °2
S-0.0133 Å °0.196 Å °0.1575 Å °-0.0694 Å °0.0224 Å °0.0629 Å °0.0921 Å °-0.0415 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 230
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 229
3X-RAY DIFFRACTION1allC448 - 733
4X-RAY DIFFRACTION1allC801
5X-RAY DIFFRACTION1allD448 - 733
6X-RAY DIFFRACTION1allD801
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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