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万見
- PDB-6tzz: Crystal Structure of Tetrahymena Thermophila Lipin Phosphatidic A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzz
タイトルCrystal Structure of Tetrahymena Thermophila Lipin Phosphatidic Acid Phosphatase with Magnesium
要素Nuclear elongation and deformation protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Lipin / phosphatidic acid phosphatase / immunoglobulin-like (抗体) / haloacid dehalogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipin, N-terminal / Lipin/Ned1/Smp2 (LNS2) / LIPIN family / LNS2/PITP / lipin, N-terminal conserved region / LNS2 (Lipin/Ned1/Smp2) / LNS2 / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear elongation and deformation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Khayyo, V.I. / Airola, M.V.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128666 米国
American Heart Association17SDG33410860 米国
American Heart Association19PRE34450192 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a lipin/Pah phosphatidic acid phosphatase
著者: Khayyo, V.I. / Hoffmann, R.M. / Wang, H. / Bell, J.A. / Burke, J.E. / Reue, K. / Airola, M.V.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear elongation and deformation protein
B: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6914
ポリマ－73,6422
非ポリマー492
水52229
1
A: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8462
ポリマ－36,8211
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8462
ポリマ－36,8211
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.410, 57.644, 84.191
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 21 through 46 or resid 54...
21(chain B and (resid 21 through 154 or resid 168 through 321))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 21 through 46 or resid 54...AA21 - 4622 - 47
12ASNASNGLUGLU(chain A and (resid 21 through 46 or resid 54...AA54 - 8555 - 86
13GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 21 through 46 or resid 54...AA93 - 22694 - 227
14GLUGLUPROPRO(chain A and (resid 21 through 46 or resid 54...AA242 - 321243 - 322
21PHEPHESERSER(chain B and (resid 21 through 154 or resid 168 through 321))BB21 - 15422 - 155
22TRPTRPPROPRO(chain B and (resid 21 through 154 or resid 168 through 321))BB168 - 321169 - 322

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要素

#1: タンパク質 Nuclear elongation and deformation protein / Lipin Phosphatidic Acid Phosphatase


分子量: 36821.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00215970 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: I7MFJ3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Mg(NO3)2, 10% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.91839 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91839 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→47.52 Å / Num. obs: 23065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 158812 / Scaling rejects: 72
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.58-2.657.11.2471212217130.4110.5051.3471.5100
11.54-47.526.70.14718982830.9820.0590.15910.998.8

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→47.492 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 34.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2875 760 5.19 %
Rwork0.2423 --
obs0.2447 14630 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 175.71 Å2 / Biso mean: 70.1488 Å2 / Biso min: 18.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4357 0 2 29 4388
Biso mean--57.65 42.34 -
残基数----538
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1542X-RAY DIFFRACTION8.513TORSIONAL
12B1542X-RAY DIFFRACTION8.513TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3-3.23160.34071460.30272747
3.2316-3.55670.30521500.25152739
3.5567-4.07110.27621510.24132757
4.0711-5.12820.27971550.2022781
5.1282-47.4920.27661580.2542846
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.161 Å / Origin y: 1.958 Å / Origin z: 1.164 Å
111213212223313233
T0.1509 Å2-0.011 Å2-0.0237 Å2-0.114 Å20.0473 Å2--0.4523 Å2
L0.5824 °2-0.0309 °2-0.0858 °2-0.0764 °20.2774 °2--0.3873 °2
S0.0122 Å °0.0178 Å °0.0573 Å °0.016 Å °0.0206 Å °-0.0369 Å °-0.0751 Å °0.1617 Å °0.0428 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 501:520 OR RESID 401:401 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 501:509 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )A21 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 501:520 OR RESID 401:401 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 501:509 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )A501 - 520
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 501:520 OR RESID 401:401 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 501:509 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )A401
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 501:520 OR RESID 401:401 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 501:509 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )B501 - 509
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 501:520 OR RESID 401:401 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 501:509 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )B20 - 321
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 501:520 OR RESID 401:401 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 501:509 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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