+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tuz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Theophylline-Notum complex | |||||||||
要素 | Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Wnt Notum inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / phospholipase C activity / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / 骨 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / phospholipase C activity / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / 骨 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wntシグナル経路 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 小胞体 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Jones, E.Y. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Caffeine inhibits Notum activity by binding at the catalytic pocket. 著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Hillier, J. / Lu, W. / Jones, E.Y. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tuz.cif.gz | 170.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6tuz.ent.gz | 132.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tuz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tuz | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase |
---|---|
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 207分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-TEP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulphate 0.1 M sodium citrate pH4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→78.88 Å / Num. obs: 1189310 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 11.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.26 Å / Num. unique obs: 4742 / CC1/2: 0.541 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6R8P 解像度: 1.24→53.633 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.44
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.34 Å2 / Biso mean: 21.2903 Å2 / Biso min: 8.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.24→53.633 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|