+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6try | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human Aldehyde dehydrogenase 1A3 in complex with MF13 inhibitor compound | ||||||
要素 | Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Dehydrogenase isoenzyme ALDH1A3 Selective Inhibitor High grade Glioma | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway ...nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway / righting reflex / retinal metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / inner ear morphogenesis / thyroid hormone binding / face development / neuromuscular process controlling balance / NAD+ binding / locomotory behavior / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gelardi, E.L.M. / Garavaglia, S. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020 タイトル: Progress in the Field of Aldehyde Dehydrogenase Inhibitors: Novel Imidazo[1,2- a ]pyridines against the 1A Family. 著者: Quattrini, L. / Gelardi, E.L.M. / Petrarolo, G. / Colombo, G. / Ferraris, D.M. / Picarazzi, F. / Rizzi, M. / Garavaglia, S. / La Motta, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6try.cif.gz | 198.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6try.ent.gz | 157.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6try.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6try ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6try | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 5fhzS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56177.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A3, ALDH6 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P47895, レチナールデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.4 M sodium malonate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9677 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→47.96 Å / Num. obs: 48135 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.132 / Rsym value: 0.117 / Net I/av σ(I): 5.5 / Net I/σ(I): 10.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5FHZ 解像度: 2.9→47.96 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 27.72
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.42 Å2 / Biso mean: 61.173 Å2 / Biso min: 21.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→47.96 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|