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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t4s | ||||||
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タイトル | 3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000013a. | ||||||
要素 | (Genome polyprotein) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Viral protease. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / タンパク質分解 ...calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Southampton virus | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, J. / Cooper, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020 タイトル: In crystallo-screening for discovery of human norovirus 3C-like protease inhibitors. 著者: Guo, J. / Douangamath, A. / Song, W. / Coker, A.R. / Chan, A.W.E. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Resnick, E. / London, N. / Delft, F.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t4s.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t4s.ent.gz | 63.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t4s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6t1qSC 6t2iC 6t2xC 6t3gC 6t49C 6t4eC 6t5dC 6t5rC 6t6wC 6t71C 6t82C 6t8rC 6t8tC 6talC 6tawC 6tboC 6tbpC 6tc1C 6tcfC 6tglC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18387.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Southampton virus (serotype 3) (ウイルス) 遺伝子: ORF1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18290.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Southampton virus (serotype 3) (ウイルス) 遺伝子: ORF1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
#3: 化合物 | ChemComp-K2P / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: Protein concentration 4mg/ml. 0.2 M ammonium citrate and 12% (v/v) PEG3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月5日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.02→60.51 Å / Num. obs: 21956 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 73672 / Scaling rejects: 7 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6t1q 解像度: 2.02→60.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 8.13 / SU ML: 0.213 / SU R Cruickshank DPI: 0.2432 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.229 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.63 Å2 / Biso mean: 31.099 Å2 / Biso min: 12.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.02→60.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.072 Å / Rfactor Rfree error: 0
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