[日本語] English
万見
- PDB-6sxw: Crystal structure of the first RRM domain of human Zinc finger pr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sxw
タイトルCrystal structure of the first RRM domain of human Zinc finger protein 638 (ZNF638)
要素Zinc finger protein 638ジンクフィンガー
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Zinc finger (ジンクフィンガー) / RNA binding (リボ核酸) / RRM
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA splicing / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / double-stranded DNA binding / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Zinc finger protein 638 / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type ...Zinc finger protein 638 / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 638
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.751 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Wang, D. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助1件
組織認可番号国
Wellcome Trust
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the first RRM domain of human Zinc finger protein 638 (ZNF638)
著者: Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Wang, D. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 638
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6363
ポリマ－8,4441
非ポリマー1922
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area4680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.435, 57.435, 46.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein 638 / ジンクフィンガー / Cutaneous T-cell lymphoma-associated antigen se33-1 / CTCL-associated antigen se33-1 / Nuclear ...Cutaneous T-cell lymphoma-associated antigen se33-1 / CTCL-associated antigen se33-1 / Nuclear protein 220 / Zinc finger matrin-like protein


分子量: 8443.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF638, NP220, ZFML / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14966
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M tris pH 8.5 -- 2.6M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→18.8 Å / Num. obs: 2464 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 1.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 343 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.569 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å18.8 Å
Translation2.75 Å18.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CQ1

2cq1


解像度: 2.751→18.8 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3131 244 10 %
Rwork0.2595 2195 -
obs0.2649 2439 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 209.68 Å2 / Biso mean: 108.5176 Å2 / Biso min: 73.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.751→18.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数560 0 10 0 570
Biso mean--139.05 --
残基数----74
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.751-3.4620.33941150.3573105999
3.462-18.80.30871290.24381136100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る