[日本語] English
万見
- PDB-6sur: The Rab33B-Atg16L1 crystal structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sur
タイトルThe Rab33B-Atg16L1 crystal structure
要素
  • Autophagy-related protein 16-1
  • Ras-related protein Rab-33B
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Autophagy (オートファジー)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of constitutive secretory pathway / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / TBC/RABGAPs / RAB geranylgeranylation / Atg12-Atg5-Atg16 complex / オートファジー / Intra-Golgi traffic / regulation of Golgi organization / Rab protein signal transduction / vacuole-isolation membrane contact site ...negative regulation of constitutive secretory pathway / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / TBC/RABGAPs / RAB geranylgeranylation / Atg12-Atg5-Atg16 complex / オートファジー / Intra-Golgi traffic / regulation of Golgi organization / Rab protein signal transduction / vacuole-isolation membrane contact site / microautophagy / protein localization to Golgi apparatus / xenophagy / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to phagophore assembly site / corpus callosum development / phagophore assembly site membrane / regulation of exocytosis / negative stranded viral RNA replication / endolysosome membrane / skeletal system morphogenesis / axoneme / autophagosome membrane / autophagosome assembly / オートファゴソーム / positive regulation of autophagy / protein-membrane adaptor activity / sperm midpiece / hippocampus development / オートファジー / Golgi lumen / protein transport / presynapse / GTPase binding / defense response to virus / エンドソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rab33A/B / Autophagy-related protein 16 / Autophagy-related protein 16 domain / Autophagy protein 16 (ATG16) / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ ...Rab33A/B / Autophagy-related protein 16 / Autophagy-related protein 16 domain / Autophagy protein 16 (ATG16) / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / Ras-related protein Rab-33B / Autophagy-related protein 16-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.467 Å
データ登録者Metje-Sprink, J. / Kuehnel, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the Rab33B/Atg16L1 effector complex.
著者: Metje-Sprink, J. / Groffmann, J. / Neumann, P. / Barg-Kues, B. / Ficner, R. / Kuhnel, K. / Schalk, A.M. / Binotti, B.
履歴
登録2019年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-33B
B: Ras-related protein Rab-33B
C: Ras-related protein Rab-33B
D: Ras-related protein Rab-33B
E: Ras-related protein Rab-33B
F: Ras-related protein Rab-33B
I: Autophagy-related protein 16-1
J: Autophagy-related protein 16-1
K: Autophagy-related protein 16-1
L: Autophagy-related protein 16-1
M: Autophagy-related protein 16-1
N: Autophagy-related protein 16-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,80824
ポリマ－159,52312
非ポリマー3,28512
水0
1
A: Ras-related protein Rab-33B
B: Ras-related protein Rab-33B
I: Autophagy-related protein 16-1
J: Autophagy-related protein 16-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2698
ポリマ－53,1744
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ras-related protein Rab-33B
D: Ras-related protein Rab-33B
K: Autophagy-related protein 16-1
L: Autophagy-related protein 16-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2698
ポリマ－53,1744
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ras-related protein Rab-33B
F: Ras-related protein Rab-33B
M: Autophagy-related protein 16-1
N: Autophagy-related protein 16-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2698
ポリマ－53,1744
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.400, 204.900, 107.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...
21(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...
31(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...
41(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...
51(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...
61(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...
12(chain I and (resid 160 through 166 or resid 168...
22(chain J and (resid 160 through 166 or resid 168...
32(chain K and (resid 160 through 166 or resid 168...
42(chain L and (resid 160 through 166 or resid 168...
52(chain M and (resid 160 through 166 or resid 168...
62(chain N and (resid 160 through 166 or resid 168...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A31 - 56
121(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A58 - 60
131(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A62
141(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A0
151(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A989
161(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A98 - 132
171(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A31 - 201
181(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A141 - 152
191(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A31 - 201
1101(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A154 - 164
1111(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A31 - 201
1121(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A187 - 197
1131(chain A and (resid 31 through 56 or resid 58...A300 - 301
211(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B31 - 56
221(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B58 - 60
231(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B62
241(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B64
251(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B31 - 201
261(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B82 - 96
271(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B31 - 201
281(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B141 - 152
291(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B166 - 180
2101(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B182 - 183
2111(chain B and (resid 31 through 56 or resid 58...B300 - 301
311(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C31 - 56
321(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C58 - 60
331(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C62
341(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C64
351(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C31 - 201
361(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C82 - 96
371(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C31 - 201
381(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C141 - 152
391(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C166 - 180
3101(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C182 - 183
3111(chain C and (resid 31 through 56 or resid 58...C300 - 301
411(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D31 - 56
421(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D58 - 60
431(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D62
441(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D64
451(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D31 - 201
461(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D82 - 96
471(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D31 - 201
481(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D141 - 152
491(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D166 - 180
4101(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D182 - 185
4111(chain D and (resid 31 through 56 or resid 58...D300 - 301
511(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E31 - 56
521(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E58 - 60
531(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E62
541(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E64
551(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E31 - 201
561(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E82 - 96
571(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E31 - 201
581(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E141 - 152
591(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E166 - 180
5101(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E182 - 183
5111(chain E and (resid 31 through 56 or resid 58...E300 - 301
611(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F31 - 56
621(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F58 - 60
631(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F62
641(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F64
651(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F31 - 200
661(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F82 - 96
671(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F31 - 200
681(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F141 - 152
691(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F166 - 180
6101(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F182 - 183
6111(chain F and (resid 31 through 56 or resid 58...F300 - 301
112(chain I and (resid 160 through 166 or resid 168...I160 - 166
122(chain I and (resid 160 through 166 or resid 168...I168 - 178
132(chain I and (resid 160 through 166 or resid 168...I180
142(chain I and (resid 160 through 166 or resid 168...I182 - 196
152(chain I and (resid 160 through 166 or resid 168...I199 - 208
212(chain J and (resid 160 through 166 or resid 168...J160 - 166
222(chain J and (resid 160 through 166 or resid 168...J168 - 178
232(chain J and (resid 160 through 166 or resid 168...J180
242(chain J and (resid 160 through 166 or resid 168...J182 - 196
252(chain J and (resid 160 through 166 or resid 168...J199 - 208
312(chain K and (resid 160 through 166 or resid 168...K160 - 166
322(chain K and (resid 160 through 166 or resid 168...K168 - 178
332(chain K and (resid 160 through 166 or resid 168...K180
342(chain K and (resid 160 through 166 or resid 168...K182 - 196
352(chain K and (resid 160 through 166 or resid 168...K199 - 208
412(chain L and (resid 160 through 166 or resid 168...L160 - 166
422(chain L and (resid 160 through 166 or resid 168...L168 - 178
432(chain L and (resid 160 through 166 or resid 168...L180
442(chain L and (resid 160 through 166 or resid 168...L182 - 196
452(chain L and (resid 160 through 166 or resid 168...L199 - 208
512(chain M and (resid 160 through 166 or resid 168...M160 - 166
522(chain M and (resid 160 through 166 or resid 168...M168 - 178
532(chain M and (resid 160 through 166 or resid 168...M180
542(chain M and (resid 160 through 166 or resid 168...M182 - 196
552(chain M and (resid 160 through 166 or resid 168...M199 - 208
612(chain N and (resid 160 through 166 or resid 168...N160 - 166
622(chain N and (resid 160 through 166 or resid 168...N168 - 178
632(chain N and (resid 160 through 166 or resid 168...N180
642(chain N and (resid 160 through 166 or resid 168...N182 - 196
652(chain N and (resid 160 through 166 or resid 168...N199 - 208

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-33B


分子量: 19896.842 Da / 分子数: 6 / 変異: Q92L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rab33b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O35963
#2: タンパク質
Autophagy-related protein 16-1 / APG16-like 1


分子量: 6690.304 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Atg16l1, Apg16l / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8C0J2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 % / 解説: Needle like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 10 % (w/v) PEG 4 000 0.1 M spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.467→48.35 Å / Num. obs: 25983 / % possible obs: 96.28 % / 冗長度: 3.466 % / Biso Wilson estimate: 52.051 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rrim(I) all: 0.229 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 7.86
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.47-3.63.2820.752.27310278822270.7240.89279.9
3.6-3.83.5070.5593.3212412360635390.8090.6698.1
3.8-43.3840.3924.579889297529220.8820.46898.2
4-53.5010.2177.8729471857384180.9640.25698.2
5-63.4330.1698.3313064384638050.970.20198.9
6-103.5830.08812.4114513411240500.9950.10498.5
10-153.2940.04123.0725798077830.9960.04997
15-47.13.4640.03925.811573363340.9970.04699.4
47.1-48.351.6670.05814.2851130.08127.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z06

1z06


解像度: 3.467→48.35 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 1298 5 %
Rwork0.2056 --
obs0.2073 25983 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.01 Å2 / Biso mean: 60.2656 Å2 / Biso min: 25.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.467→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10474 0 198 0 10672
Biso mean--47.89 --
残基数----1319
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2577X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
12B2577X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
13C2577X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
14D2577X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
15E2577X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
16F2577X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
21I714X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
22J714X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
23K714X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
24L714X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
25M714X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
26N714X-RAY DIFFRACTION5.705TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.47-3.6060.39881170.3453223480
3.606-3.770.33761480.2805280698
3.77-3.96870.28171470.2428279798
3.9687-4.21720.26021410.2267269496
4.2172-4.54260.22591500.1902283999
4.5426-4.99930.21931480.1732282899
4.9993-5.72170.23011500.1895283299
5.7217-7.20490.22921480.2118280998
7.2049-48.350.1571490.1478284699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00050.4792-0.46562.65460.33243.1381-0.08890.0791-0.0909-0.0412-0.0163-0.1167-0.00590.20910.12140.26910.0062-0.01530.28470.00910.301519.281415.506237.8894
23.5289-0.33090.55993.3931-0.12052.80680.02790.245-0.1793-0.0987-0.08030.30320.3141-0.26070.03590.3409-0.01080.02950.4168-0.03350.4898-9.3041-13.580617.499
31.555-0.33460.17623.8652-0.3130.9832-0.1611-0.01440.07790.16720.2176-0.1678-0.02160.0422-0.04670.3820.0692-0.03780.4737-0.05750.317815.2664-7.3057-5.642
42.2787-0.6019-0.20161.6948-1.01644.2664-0.0969-0.25030.40320.4205-0.0738-0.1232-0.71180.10580.17690.5522-0.0339-0.04850.5033-0.00750.4265-12.92418.0667-29.8671
52.40351.0786-0.47034.2362-2.37841.8036-0.07240.1545-0.3407-0.59370.16770.06970.30260.1579-0.08370.5346-0.01620.01150.41380.02760.553622.354556.16079.8227
63.0406-0.07530.52653.18570.32842.71060.02610.0463-0.10190.34150.03580.26830.015-0.2688-0.00490.41980.00390.11390.41170.07250.5473-5.701338.978141.2816
70.7970.4249-0.55323.4909-1.29693.3914-0.50170.1118-0.3099-0.7529-0.1227-0.63461.3382-0.0785-0.03140.4243-0.00940.03850.4290.12140.58889.2508-14.857244.7933
82.1325-0.50281.49922.714-1.7544.8619-0.42320.06190.33320.7586-0.5788-0.7203-0.69751.22460.52220.58790.0820.01350.46570.05690.53644.4967-8.9147.9397
90.93730.66550.74064.20931.97624.144-0.40070.17270.0858-0.50390.62050.3393-0.09390.6209-0.19130.5839-0.0264-0.04150.69550.06750.49883.1153-8.0366-36.7638
101.1242-0.9724-1.35183.27942.23613.3749-0.4582-0.2585-0.07740.64670.31620.09651.10140.3060.10.68840.0492-0.02290.51220.09550.4825-1.4929-12.4684-31.878
110.7654-0.0628-0.99272.57111.21621.9687-0.2924-0.0988-0.04720.49780.14230.10630.25560.43120.1970.67780.0308-0.09430.5783-0.00680.699212.880464.357539.6581
121.56320.99940.17783.98710.4162.5061-0.16270.38060.1373-0.01250.2405-0.075-0.29690.32640.02510.37730.08490.07890.61310.14790.83397.411367.115433.4916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA31 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB31 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC31 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD31 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE31 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF31 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7chain II159 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8chain JJ159 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9chain KK159 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10chain LL159 - 208
11X-RAY DIFFRACTION11chain MM159 - 208
12X-RAY DIFFRACTION12chain NN160 - 208

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る