PDB-6sqv: Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/R70W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sqv

タイトル

Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/R70W

要素

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1A

機能・相同性

機能・相同性情報

U1 snRNP binding / U1 snRNP /

U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway /

spliceosomal complex /

mRNA splicing, via spliceosome /

DNA binding /

RNA binding /

核質 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Rosenbach, H. / Span, I.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Expanding crystallization tools for nucleic acid complexes using U1A protein variants.
著者: Rosenbach, H. / Victor, J. / Borggrafe, J. / Biehl, R. / Steger, G. / Etzkorn, M. / Span, I.

履歴

登録	2019年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sqv.cif.gz	149 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sqv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6sqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6sqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sqnC 6sqqC 6sqtC 6sr7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iea-d 5oh1-2 2mry-d 5ami-2 3x33-d 5oh2-1 5oh3-2 2y5c-1 3rl7-1 3ie9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (4) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

BBB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

CCC: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

DDD: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

46 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

DDD: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.230, 76.430, 137.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A 分子量: 11426.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→51.075 Å / Num. obs: 30234 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1477 / CC_1/2: 0.655 / R_rim(I) all: 1.865 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→51.075 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 7.745 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2734	1497	4.96 %
R_work	0.2405	-	-
all	0.242	-	-
obs	-	30179	99.864 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.635 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.56 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.925 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→51.075 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2806	0	15	5	2826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.634	1.642	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	1.582	6401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.881	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.648	21.733	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.497	15	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.665	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.514	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.284	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.04	7.787	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.042	7.784	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.603	11.674	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.6	11.678	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.212	8.485	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.169	8.46	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.354	12.355	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.254	12.315	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.081	87.381	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.077	87.363	3106

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.514	0.355	93	0.392	2080	X-RAY DIFFRACTION	99.8621
2.514-2.582	0.4	98	0.37	2048	X-RAY DIFFRACTION	99.9534
2.582-2.657	0.341	111	0.328	1965	X-RAY DIFFRACTION	99.8557
2.657-2.739	0.373	84	0.286	1954	X-RAY DIFFRACTION	99.902
2.739-2.829	0.331	85	0.277	1870	X-RAY DIFFRACTION	99.9489
2.829-2.928	0.314	90	0.252	1831	X-RAY DIFFRACTION	99.7922
2.928-3.039	0.305	99	0.238	1723	X-RAY DIFFRACTION	99.8356
3.039-3.163	0.262	79	0.237	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.9442
3.163-3.303	0.27	81	0.237	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.303-3.464	0.257	88	0.246	1545	X-RAY DIFFRACTION	99.9388
3.464-3.651	0.247	59	0.247	1509	X-RAY DIFFRACTION	99.9363
3.651-3.873	0.283	76	0.236	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.873-4.14	0.247	82	0.204	1310	X-RAY DIFFRACTION	99.9282
4.14-4.471	0.194	71	0.187	1237	X-RAY DIFFRACTION	99.7712
4.471-4.898	0.276	55	0.173	1144	X-RAY DIFFRACTION	100
4.898-5.475	0.193	66	0.193	1041	X-RAY DIFFRACTION	100
5.475-6.32	0.337	50	0.26	918	X-RAY DIFFRACTION	100
6.32-7.736	0.297	59	0.28	784	X-RAY DIFFRACTION	100
7.736-10.924	0.274	45	0.26	624	X-RAY DIFFRACTION	100
10.924-51.075	0.399	26	0.37	366	X-RAY DIFFRACTION	98.2456

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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