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- PDB-6sm8: Human jak1 kinase domain in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sm8
タイトルHuman jak1 kinase domain in complex with inhibitor
要素(Tyrosine-protein kinase JAK1) x 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Janus Kinase 1 kinase domain (JAK1)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / type III interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway ...protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / type III interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-2 signaling / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / MAPK3 (ERK1) activation / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Interleukin-7 signaling / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / 細胞分化 / 細胞骨格 / エンドソーム / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / response to antibiotic / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LKT / Tyrosine-protein kinase JAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Read, J.A. / Steuber, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of (2R)-N-[3-[2-[(3-Methoxy-1-methyl-pyrazol-4-yl)amino]pyrimidin-4-yl]-1H-indol-7-yl]-2-(4-methylpiperazin-1-yl)propenamide (AZD4205) as a Potent and Selective Janus Kinase 1 Inhibitor.
著者: Su, Q. / Banks, E. / Bebernitz, G. / Bell, K. / Borenstein, C.F. / Chen, H. / Chuaqui, C.E. / Deng, N. / Ferguson, A.D. / Kawatkar, S. / Grimster, N.P. / Ruston, L. / Lyne, P.D. / Read, J.A. ...著者: Su, Q. / Banks, E. / Bebernitz, G. / Bell, K. / Borenstein, C.F. / Chen, H. / Chuaqui, C.E. / Deng, N. / Ferguson, A.D. / Kawatkar, S. / Grimster, N.P. / Ruston, L. / Lyne, P.D. / Read, J.A. / Peng, X. / Pei, X. / Fawell, S. / Tang, Z. / Throner, S. / Vasbinder, M.M. / Wang, H. / Winter-Holt, J. / Woessner, R. / Wu, A. / Yang, W. / Zinda, M. / Kettle, J.G.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4466
ポリマ－69,4362
非ポリマー1,0104
水4,576254
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1892
ポリマ－34,7471
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2574
ポリマ－34,6901
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.194, 174.065, 44.956
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK1 / Janus kinase 1 / JAK-1


分子量: 34746.594 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human Jak1 Kinase domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK1, JAK1A, JAK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23458, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK1 / Janus kinase 1 / JAK-1


分子量: 34689.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK1, JAK1A, JAK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23458, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: 化合物 ChemComp-LKT / 2-chloranyl-6-[(3~{S})-3-[(1~{S})-2-cyano-1-[4-(7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)pyrazol-1-yl]ethyl]pyrrolidin-1-yl]benzenecarbonitrile


分子量: 442.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19ClN8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 27% (m/v) PEG6000, 0.1 M MES/NaOH pH 6.0 and 5 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→87.04 Å / Num. obs: 56206 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 28.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 18.76
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Num. unique obs: 8095 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→35.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2477 4.42 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.213 56072 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 162.14 Å2 / Biso mean: 45.01 Å2 / Biso min: 11.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1333 Å20 Å2-0.1992 Å2
2--3.0387 Å20 Å2
3----2.9054 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→35.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4717 0 72 255 5044
Biso mean--26.27 37.45 -
残基数----581
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1815SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes841HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5041HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion620SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5932SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5041HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6818HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.11
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3434 55 4.9 %
Rwork0.2662 1067 -
all0.2697 1122 -
obs--97.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4096-1.60112.71351.2077-1.6714.18450.30090.4065-0.9029-0.26310.14610.46070.14330.1844-0.4470.1412-0.03240.00660.2322-0.14090.4714-3.88758.737-2.494
26.5681-0.21041.38613.3445-0.7331.51090.0549-0.2164-1.37770.44530.18370.2046-0.0614-0.0303-0.23860.1414-0.0210.07520.11320.01470.438312.7651.58716.472
34.1951-0.0707-1.82821.8181-0.38553.4075-0.00610.19190.0196-0.36550.0374-0.2193-0.00010.0175-0.03130.131-0.02130.03270.1688-0.00590.081725.4693.203-2.898
48.30433.428-2.0123.8016-0.49861.37960.6853-1.19871.43670.4995-0.36610.8119-0.21880.3142-0.31920.1257-0.10370.13860.29-0.19780.27299.03110.1716.137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|867 - A|959 }A867 - 959
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|961 - A|1154 }A961 - 1154
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|867 - B|959 }B867 - 959
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|961 - B|1154 }B961 - 1154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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