+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rzz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME / 60S subunit / eIF6 / Nmd3 / Lsg1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 budding cell bud growth / ascospore wall assembly / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / preribosome binding / 加水分解酵素 / positive regulation of autophagosome assembly / mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to nitrogen starvation / nucleocytoplasmic transport ...budding cell bud growth / ascospore wall assembly / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / preribosome binding / 加水分解酵素 / positive regulation of autophagosome assembly / mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to nitrogen starvation / nucleocytoplasmic transport / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / meiotic cell cycle / ribosomal subunit export from nucleus / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / protein-tyrosine-phosphatase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / protein tyrosine phosphatase activity / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / autophagy / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / metallopeptidase activity / protein transport / ribosome biogenesis / mitotic cell cycle / protein-macromolecule adaptor activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / sequence-specific DNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kargas, V. / Warren, A.J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Mechanism of completion of peptidyltransferase centre assembly in eukaryotes. 著者: Vasileios Kargas / Pablo Castro-Hartmann / Norberto Escudero-Urquijo / Kyle Dent / Christine Hilcenko / Carolin Sailer / Gertrude Zisser / Maria J Marques-Carvalho / Simone Pellegrino / ...著者: Vasileios Kargas / Pablo Castro-Hartmann / Norberto Escudero-Urquijo / Kyle Dent / Christine Hilcenko / Carolin Sailer / Gertrude Zisser / Maria J Marques-Carvalho / Simone Pellegrino / Leszek Wawiórka / Stefan Mv Freund / Jane L Wagstaff / Antonina Andreeva / Alexandre Faille / Edwin Chen / Florian Stengel / Helmut Bergler / Alan John Warren / 要旨: During their final maturation in the cytoplasm, pre-60S ribosomal particles are converted to translation-competent large ribosomal subunits. Here, we present the mechanism of peptidyltransferase ...During their final maturation in the cytoplasm, pre-60S ribosomal particles are converted to translation-competent large ribosomal subunits. Here, we present the mechanism of peptidyltransferase centre (PTC) completion that explains how integration of the last ribosomal proteins is coupled to release of the nuclear export adaptor Nmd3. Single-particle cryo-EM reveals that eL40 recruitment stabilises helix 89 to form the uL16 binding site. The loading of uL16 unhooks helix 38 from Nmd3 to adopt its mature conformation. In turn, partial retraction of the L1 stalk is coupled to a conformational switch in Nmd3 that allows the uL16 P-site loop to fully accommodate into the PTC where it competes with Nmd3 for an overlapping binding site (base A2971). Our data reveal how the central functional site of the ribosome is sculpted and suggest how the formation of translation-competent 60S subunits is disrupted in leukaemia-associated ribosomopathies. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rzz.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6rzz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6rzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rzz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6rzz_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6rzz_validation.xml.gz | 215.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rzz_validation.cif.gz | 380.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/6rzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/6rzz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 10068MC 4560C 4630C 4636C 4884C 6qikC 6qt0C 6qtzC 6ri5C 6s05C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 Axy
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822 |
---|---|
#47: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886537 |
#48: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1331532632 |
+60S ribosomal protein ... , 38種, 38分子 BCDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdef...
-タンパク質 , 7種, 7分子 noprsuw
#39: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12522 |
---|---|
#40: タンパク質 | 分子量: 72838.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P53145, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
#41: タンパク質 | 分子量: 17889.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
#42: タンパク質 | 分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03862, 加水分解酵素 |
#43: タンパク質 | 分子量: 41242.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02256, protein-tyrosine-phosphatase |
#44: タンパク質 | 分子量: 45934.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38344 |
#46: タンパク質 | 分子量: 59167.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38861 |
-非ポリマー , 1種, 10分子
#49: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#48 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 216403 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4V88 Accession code: 4V88 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |