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- PDB-6qll: Crystal structure of F181H UbiX in complex with FMN and dimethyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qll
タイトルCrystal structure of F181H UbiX in complex with FMN and dimethylallyl monophosphate
要素Flavin prenyltransferase UbiX
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / UbiX Prenyltransferase Flavin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavin prenyltransferase-like / フラボタンパク質 / Flavin prenyltransferase-like / フラボタンパク質 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dimethylallyl monophosphate / Chem-FNR / Flavin prenyltransferase UbiX
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Marshall, S.A. / Leys, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K017802/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P000622/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The UbiX flavin prenyltransferase reaction mechanism resembles class I terpene cyclase chemistry.
著者: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Fisher, K. / White, M.D. / Ni Cheallaigh, A. / Balaikaite, A. / Rigby, S.E.J. / Leys, D.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5315
ポリマ－24,7871
非ポリマー7444
水3,405189
1
A: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,37060
ポリマ－297,44712
非ポリマー8,92248
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation17_545z,x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation18_544z,-x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation45_545y+1/2,z-1/2,x1
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
crystal symmetry operation48_445-y-1/2,-z-1/2,x1
Buried area70740 Å2
ΔGint-624 kcal/mol
Surface area66330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.033, 142.033, 142.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Space group name HallF223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x,y+1/2,z+1/2
#14: z,x+1/2,y+1/2
#15: y,z+1/2,x+1/2
#16: -y,-z+1/2,x+1/2
#17: z,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y,z+1/2,-x+1/2
#19: -z,-x+1/2,y+1/2
#20: -z,x+1/2,-y+1/2
#21: y,-z+1/2,-x+1/2
#22: x,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x,y+1/2,-z+1/2
#24: -x,-y+1/2,z+1/2
#25: x+1/2,y,z+1/2
#26: z+1/2,x,y+1/2
#27: y+1/2,z,x+1/2
#28: -y+1/2,-z,x+1/2
#29: z+1/2,-x,-y+1/2
#30: -y+1/2,z,-x+1/2
#31: -z+1/2,-x,y+1/2
#32: -z+1/2,x,-y+1/2
#33: y+1/2,-z,-x+1/2
#34: x+1/2,-y,-z+1/2
#35: -x+1/2,y,-z+1/2
#36: -x+1/2,-y,z+1/2
#37: x+1/2,y+1/2,z
#38: z+1/2,x+1/2,y
#39: y+1/2,z+1/2,x
#40: -y+1/2,-z+1/2,x
#41: z+1/2,-x+1/2,-y
#42: -y+1/2,z+1/2,-x
#43: -z+1/2,-x+1/2,y
#44: -z+1/2,x+1/2,-y
#45: y+1/2,-z+1/2,-x
#46: x+1/2,-y+1/2,-z
#47: -x+1/2,y+1/2,-z
#48: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-629-

HOH

21A-646-

HOH

31A-647-

HOH

41A-688-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Flavin prenyltransferase UbiX


分子量: 24787.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ubiX, C0044_29760, C8257_05245, CAZ10_26235, CGU42_07325, DT376_15100, DZ940_19110, DZ962_23875, NCTC13719_00955, PAERUG_E15_London_28_01_14_05236, PAMH19_1010, RW109_RW109_01660
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZCW8, flavin prenyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-4LR / Dimethylallyl monophosphate / りん酸イソペンテニル


分子量: 166.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O4P
#3: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: LMB screen (Molecular Dimensions) F2 16 % w/v PEG 4000, 20 % v/v glycerol, 0.1 M sodium citrate pH 5.8, 0.1 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→23.67 Å / Num. obs: 33618 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 15.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZAF

4zaf


解像度: 1.56→23.67 Å / SU ML: 0.1716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.9818
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1827 1735 5.22 %
Rwork0.1616 --
obs0.1627 33265 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→23.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 47 189 1768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16852231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0779257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.806597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.610.33521450.31342556X-RAY DIFFRACTION97.23
1.61-1.660.28611380.27992606X-RAY DIFFRACTION97.55
1.66-1.720.29191280.26112595X-RAY DIFFRACTION98.06
1.72-1.790.28481510.23812616X-RAY DIFFRACTION98.19
1.79-1.870.25251420.20372615X-RAY DIFFRACTION98.68
1.87-1.970.21341440.18532642X-RAY DIFFRACTION99.11
1.97-2.090.18951760.16792564X-RAY DIFFRACTION98.92
2.09-2.250.18761510.14722660X-RAY DIFFRACTION99.86
2.25-2.480.18421260.14522657X-RAY DIFFRACTION99.46
2.48-2.830.16981510.1522671X-RAY DIFFRACTION99.89
2.83-3.570.16121300.13032696X-RAY DIFFRACTION99.37
3.57-23.670.11941530.12562652X-RAY DIFFRACTION96.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8431164679-0.755953963663-0.3143284697011.423904891850.6787086612992.310256912280.1095958007550.1788869612570.251008281612-0.1329923697450.0227268967666-0.142100145524-0.2154362486880.147341449532-0.08493623938540.213447186797-0.01626651136970.01938173056120.1154436045270.03593074805140.1419086992543.36571738782-41.3887862873-19.1361648188
21.566685533260.121135109449-0.09399088340130.998947643620.3255031366781.63295710055-0.02053811954590.1448899706130.214400796723-0.1842483822630.0671814339561-0.117100598163-0.4348255744980.0560248686386-0.04161366187530.268946089068-0.01617648470440.01718548084380.1253309161060.05522616814340.1681428780022.38433124065-35.5088491308-19.0514072807
31.28798808481-0.102249981986-0.1796921035711.37350054065-1.078128967432.455124688170.01539032798190.1468253368530.307109599714-0.0568940148130.01319442643570.0683029935308-0.42748042757-0.1025791514660.03219024890840.2859698830060.07079351737310.009300549239310.1545093208520.06479288289140.227119434947-11.9923424613-33.0326220723-15.7363156848
41.050245427680.327577369492-0.06127592330151.64133524611-0.1167273914010.5116253093980.2784688519670.324555407027-0.0115358481547-0.0417052227516-0.1570143270280.163396644822-0.423707676164-0.335539767919-0.1093034994270.4133895058730.0549478897640.04514326443730.1342245605480.1387494667470.139303902866-4.37013999515-37.1606607032-27.4788082326
50.481542886401-0.000966683478346-0.1247475118150.4418727858040.08665272906880.8459354720320.02392890016470.07632910441980.0520392361724-0.104818567308-2.51226429617E-5-0.0163450429903-0.0822469597611-0.029160900679-0.01194815269890.153067113179-0.001078305689125.64668190904E-50.1234886404980.02797399247030.115774886742-2.40132778515-50.9614864809-16.4176273073
62.91179569256-1.15962408469-1.519635080250.7770002815110.6626824984032.20677962389-0.0450660260907-0.047696565576-0.00437126071890.0141397175590.02008713309650.003875345519680.149932470237-0.08921405258890.03572190879280.129228549541-0.0156823586134-0.01359473156270.1107724464580.00254758190680.105606759579-1.91928822806-56.2725244255-4.26784420512
70.803832347791-0.501343059654-0.1011910532340.456817947848-0.2058478426390.5765778952080.00396267574167-0.0186747285160.1990827885620.004207198675590.0124192591766-0.133162703594-0.1203123319440.0482231207661-0.01074711171960.176524969869-0.008588364527010.00844088773640.1115239229410.005858066880740.1763251835546.47281736623-38.4190957197-2.12600111442
81.40163784011-0.732247604702-1.198335964792.213582318871.87778964792.63119732613-0.00557155056161-0.008073234582330.1305568636990.0367668334434-0.0294525500158-0.0867209582673-0.1011042126150.08058643102370.04608117995590.215141181106-0.03840000586330.01085677617110.1409962164620.01935554646040.187538781096.96807627011-35.6134694319-7.81934975282
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 57 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 58 through 86 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 87 through 144 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 145 through 156 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 157 through 174 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 175 through 190 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 191 through 208 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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