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- PDB-6qi4: NCS-1 bound to a ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qi4
タイトルNCS-1 bound to a ligand
要素Neuronal calcium sensor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium sensor / synapse regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 ...calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EFハンド / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-FKW / Neuronal calcium sensor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Sanchez-Barrena, M.J. / Blanco-Gabella, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Insights into real-time chemical processes in a calcium sensor protein-directed dynamic library.
著者: Canal-Martin, A. / Sastre, J. / Sanchez-Barrena, M.J. / Canales, A. / Baldominos, S. / Pascual, N. / Martinez-Gonzalez, L. / Molero, D. / Fernandez-Valle, M.E. / Saez, E. / Blanco-Gabella, P. ...著者: Canal-Martin, A. / Sastre, J. / Sanchez-Barrena, M.J. / Canales, A. / Baldominos, S. / Pascual, N. / Martinez-Gonzalez, L. / Molero, D. / Fernandez-Valle, M.E. / Saez, E. / Blanco-Gabella, P. / Gomez-Rubio, E. / Martin-Santamaria, S. / Saiz, A. / Mansilla, A. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Martinez, A. / Perez-Fernandez, R.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Neuronal calcium sensor 1
C: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,32320
ポリマ－43,8052
非ポリマー2,51818
水3,081171
1
B: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,75713
ポリマ－21,9031
非ポリマー1,85412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5677
ポリマ－21,9031
非ポリマー6646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.729, 55.603, 77.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BC

#1: タンパク質 Neuronal calcium sensor 1 / / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein


分子量: 21902.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCS1, FLUP, FREQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62166

-
非ポリマー , 8種, 189分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-FKW / 2-(1~{H}-indol-3-yl)-~{N}-[(~{E})-(4-nitro-3-oxidanyl-phenyl)methylideneamino]ethanamide


分子量: 338.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N4O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 30% (v/v) polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.978979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→42.35 Å / Num. obs: 43813 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.78→1.8 Å / Rpim(I) all: 1.129

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: 000)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1g8i

1g8i


解像度: 1.78→42.347 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 30.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 4356 5.25 %random
Rwork0.2135 ---
obs0.2145 83021 96.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→42.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 122 171 3331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3034318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7641955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.80020.40841290.3892668X-RAY DIFFRACTION96
1.8002-1.82140.4171520.38062502X-RAY DIFFRACTION94
1.8214-1.84360.40461270.36972621X-RAY DIFFRACTION94
1.8436-1.8670.39071370.3582579X-RAY DIFFRACTION97
1.867-1.89150.39841410.35382651X-RAY DIFFRACTION96
1.8915-1.91740.35821380.33612646X-RAY DIFFRACTION97
1.9174-1.94480.3481230.32992613X-RAY DIFFRACTION97
1.9448-1.97390.35551430.31232598X-RAY DIFFRACTION96
1.9739-2.00470.33641350.31332650X-RAY DIFFRACTION98
2.0047-2.03760.28841380.29022710X-RAY DIFFRACTION98
2.0376-2.07270.32951460.27632578X-RAY DIFFRACTION97
2.0727-2.11040.30291600.2662626X-RAY DIFFRACTION97
2.1104-2.1510.25161660.25792583X-RAY DIFFRACTION95
2.151-2.19490.27941680.22662454X-RAY DIFFRACTION93
2.1949-2.24260.28741360.22622695X-RAY DIFFRACTION97
2.2426-2.29480.20421500.21422593X-RAY DIFFRACTION97
2.2948-2.35220.24391510.2122680X-RAY DIFFRACTION97
2.3522-2.41580.19361340.21212659X-RAY DIFFRACTION97
2.4158-2.48680.25351460.20492619X-RAY DIFFRACTION98
2.4868-2.56710.23841750.21342687X-RAY DIFFRACTION98
2.5671-2.65880.22511390.20022650X-RAY DIFFRACTION97
2.6588-2.76530.26651300.20962549X-RAY DIFFRACTION95
2.7653-2.89110.24621120.19842632X-RAY DIFFRACTION96
2.8911-3.04350.19751660.20982593X-RAY DIFFRACTION97
3.0435-3.23410.20761570.2192664X-RAY DIFFRACTION97
3.2341-3.48370.24791400.20082673X-RAY DIFFRACTION99
3.4837-3.83410.23571550.18762624X-RAY DIFFRACTION97
3.8341-4.38840.20351510.16922549X-RAY DIFFRACTION95
4.3884-5.5270.15041750.17612672X-RAY DIFFRACTION98
5.527-42.3590.20861360.18872647X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4209-0.34120.02933.34550.6610.42920.08250.11080.0632-0.2612-0.0945-0.377-0.050.01070.01560.14240.01370.03030.24370.02680.265-13.3556-13.1534-3.1939
20.70630.23690.13912.694-0.35551.5040.0162-0.0074-0.0283-0.07020.04090.24020.3497-0.01360.00270.5144-0.0181-0.06260.24490.00670.2297-8.1926-23.300225.4847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 3 through 189)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and resid 3 through 188)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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