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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qho | ||||||
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タイトル | Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7 in complex with pyrazolopyrimidine 1a | ||||||
要素 | Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Protein Kinase (プロテインキナーゼ) / Kinase (キナーゼ) / MKK7 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / MAPキナーゼキナーゼ / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere capping / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase activity / cellular response to interleukin-1 ...JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / MAPキナーゼキナーゼ / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere capping / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase activity / cellular response to interleukin-1 / response to tumor necrosis factor / stress-activated MAPK cascade / response to UV / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / molecular function activator activity / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / response to wounding / 細胞老化 / response to heat / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / リン酸化 / protein serine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / enzyme binding / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wolle, P. / Mueller, M.P. / Rauh, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019 タイトル: Characterization of Covalent Pyrazolopyrimidine-MKK7 Complexes and a Report on a Unique DFG-in/Leu-in Conformation of Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase 7 (MKK7). 著者: Wolle, P. / Engel, J. / Smith, S. / Goebel, L. / Hennes, E. / Lategahn, J. / Rauh, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qho.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qho.ent.gz | 48.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qho.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qho | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36146.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K7, JNKK2, MEK7, MKK7, PRKMK7, SKK4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14733, MAPキナーゼキナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-J3H / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M soidumcitrate 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.91639 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91639 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→49.387 Å / Num. obs: 10088 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 1017 / CC1/2: 0.819 / Rrim(I) all: 0.961 / Rsym value: 0.912 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DYL 解像度: 2.7→49.387 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.97
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.387 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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