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万見
- PDB-6qf3: X-Ray structure of Thermolysin soaked with sodium aspartate on a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qf3
タイトルX-Ray structure of Thermolysin soaked with sodium aspartate on a silicon chip
要素Thermolysinテルモリシン
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Thermolysin (テルモリシン) / on-chip crystallization / in-situ crystallization / on-chip ligand soaking
機能・相同性
機能・相同性情報


テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アスパラギン酸 / TRIETHYLENE GLYCOL / テルモリシン
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.521 Å
データ登録者Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. ...Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 米国, 6件
組織認可番号国
European Research Council609920 ドイツ
European UnionHorizon 2020, No. 654220 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research05K2018-2017-06727MXD ドイツ
Swedish Research Council2010-5208 スウェーデン
Swedish Research Council2012-2849 スウェーデン
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: On-chip crystallization for serial crystallography experiments and on-chip ligand-binding studies.
著者: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. ...著者: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A.
履歴
登録2019年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,35229
ポリマ－34,3601
非ポリマー1,99128
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.154, 93.154, 129.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-924-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / テルモリシン / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, テルモリシン

-
非ポリマー , 8種, 491分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸 / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES-NaOH pH 6.5, 10mM calcium chloride, 25% PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→46.58 Å / Num. obs: 51432 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.1 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 29.2 % / Rmerge(I) obs: 0.915 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2484 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.932 / % possible all: 99.6
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetSample dehydration prevention: cryo stream / Sample holding: single crystalline silicon chip / Support base: goniometer

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155_9999精密化
Coot0.8.2モデル構築
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Aimless0.5.8データスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TLX

2tlx


解像度: 1.521→46.577 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1495 1939 3.78 %
Rwork0.1226 --
obs0.1236 51351 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.84 Å2 / Biso mean: 16.1262 Å2 / Biso min: 6.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.521→46.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 269 464 3165
Biso mean--33.69 28.88 -
残基数----316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1623781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8641657
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5213-1.55940.17831350.152434513586
1.5594-1.60160.18781350.146134683603
1.6016-1.64870.1841360.134134523588
1.6487-1.70190.15191370.129634803617
1.7019-1.76270.16771360.125334773613
1.7627-1.83330.15371370.119134903627
1.8333-1.91670.14041370.118434883625
1.9167-2.01780.13531380.117335113649
2.0178-2.14420.13181370.111534973634
2.1442-2.30980.12691390.110535283667
2.3098-2.54220.13271390.112835393678
2.5422-2.910.15661400.116235773717
2.91-3.66610.16431430.121536193762
3.6661-46.5990.14641500.133238353985
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2405-0.00670.31450.26790.07960.42840.0645-0.08790.06510.10870.0162-0.06720.0310.0254-0.00010.11860.0045-0.00140.12440.00070.108827.745827.80611.008
20.7874-0.19830.270.3464-0.02490.74360.01760.0297-0.02980.0497-0.0088-0.0554-0.0140.027900.08350.00560.00490.0881-0.00490.06725.932831.32294.4873
30.47390.1430.14290.1138-0.01940.31840.0260.13510.0027-0.0479-0.03870.0069-0.032-0.017500.09520.01930.00130.1281-0.01130.082220.481833.9144-4.678
40.52060.16210.34750.3108-0.06530.3584-0.01490.03990.1176-0.03890.01910.0057-0.1006-0.00630.00020.08550.00530.01450.1147-0.01060.104212.61335.9562-4.4069
50.25340.031-0.03820.29320.26260.25630.0522-0.02450.01080.0595-0.00520.0585-0.0255-0.017300.08670.00080.01260.1126-0.00440.09126.228828.69-5.6628
60.88340.26260.58151.47910.48910.50050.0655-0.35640.15490.2776-0.13440.12190.0229-0.26990.10980.1045-0.00480.02770.167-0.03530.10923.773734.61517.788
71.02590.28750.8850.24860.61551.6114-0.1365-0.02790.2281-0.0539-0.02650.1364-0.2488-0.2169-0.34510.08580.0227-0.0050.1107-0.01690.1419-4.937938.8266-7.1016
80.73750.00860.09740.57020.04830.6508-0.00050.02010.0168-0.02260.00840.03720.0549-0.0725-00.0851-0.01130.01350.1139-0.01770.0963-0.845325.3331-11.6493
91.06910.0565-0.5481.3441-0.12950.3112-0.0290.21310.0069-0.1509-0.0270.25970.1266-0.18570.0940.0944-0.03330.00180.1389-0.0220.1078-9.069820.555-13.8253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 88 )A26 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 122 )A89 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 123 through 158 )A123 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 159 through 180 )A159 - 180
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 181 through 200 )A181 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 201 through 224 )A201 - 224
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 225 through 296 )A225 - 296
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 297 through 316 )A297 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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