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- PDB-6ptb: Crystal Structure of ILNAMIAKI peptide bound to HLA-A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptb
タイトルCrystal Structure of ILNAMIAKI peptide bound to HLA-A2
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HAUS augmin-like complex subunit 3
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC class I (MHCクラスI分子) / HLA A2 / immune system complex (免疫系) / neoantigen (抗原)
機能・相同性
機能・相同性情報


HAUS complex / regulation of microtubule nucleation / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna ...HAUS complex / regulation of microtubule nucleation / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / spindle assembly / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / detection of bacterium / T cell receptor binding / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / 紡錘体 / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 3, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 3 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン ...HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 3, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 3 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン / HAUS augmin-like complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Keller, G.L.J. / Arbuiso, A. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2019
タイトル: Structure Based Prediction of Neoantigen Immunogenicity.
著者: Riley, T.P. / Keller, G.L.J. / Smith, A.R. / Davancaze, L.M. / Arbuiso, A.G. / Devlin, J.R. / Baker, B.M.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HAUS augmin-like complex subunit 3
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HAUS augmin-like complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6268
ポリマ－89,4426
非ポリマー1842
水9,674537
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HAUS augmin-like complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9055
ポリマ－44,7213
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HAUS augmin-like complex subunit 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7213
ポリマ－44,7213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.676, 63.671, 75.175
Angle α, β, γ (deg.)81.472, 75.849, 77.225
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HAUS augmin-like complex subunit 3


分子量: 987.280 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 154-162 / Mutation: T160A / 由来タイプ: 合成
詳細: Processed peptide fragment from full-length protein containing SNP, derived from 2098 MEL cell line
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q68CZ6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 15% v/v PEG3350, 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月18日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→72.53 Å / Num. obs: 47203 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.01 Å2 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.1295 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 2366 / CC1/2: 0.744 / Rpim(I) all: 0.4366 / % possible all: 96.57

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX1.15.2-3472位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3PWL

3pwl


解像度: 2.15→30.89 Å / SU ML: 0.2809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.895
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 4711 10.01 %
Rwork0.1933 --
obs0.1973 47073 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6304 0 12 537 6853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00466488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68138794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6332394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.170.29441580.25761403X-RAY DIFFRACTION96.3
2.17-2.20.29451530.25921379X-RAY DIFFRACTION94.98
2.2-2.230.31271520.27051373X-RAY DIFFRACTION97.44
2.23-2.250.31671570.27371420X-RAY DIFFRACTION96.75
2.25-2.280.27981550.251381X-RAY DIFFRACTION96.12
2.28-2.320.29341560.23591398X-RAY DIFFRACTION97.74
2.32-2.350.24011580.22411414X-RAY DIFFRACTION96.74
2.35-2.380.2761530.20891394X-RAY DIFFRACTION97.42
2.38-2.420.28281580.21731434X-RAY DIFFRACTION97.85
2.42-2.460.25911520.20521347X-RAY DIFFRACTION96.21
2.46-2.50.26611590.2071438X-RAY DIFFRACTION98.22
2.5-2.550.251570.20411405X-RAY DIFFRACTION96.9
2.55-2.60.23611550.21141407X-RAY DIFFRACTION98.55
2.6-2.650.27211570.22311400X-RAY DIFFRACTION96.59
2.65-2.710.2711560.21571399X-RAY DIFFRACTION98.42
2.71-2.770.27771600.22311447X-RAY DIFFRACTION97.51
2.77-2.840.27181560.20521402X-RAY DIFFRACTION98.67
2.84-2.920.26221570.20261413X-RAY DIFFRACTION98.06
2.92-30.23911620.20741447X-RAY DIFFRACTION98.47
3-3.10.26661540.20361389X-RAY DIFFRACTION98.59
3.1-3.210.22771570.20051415X-RAY DIFFRACTION98.37
3.21-3.340.23141600.19761437X-RAY DIFFRACTION98.46
3.34-3.490.21851550.19751398X-RAY DIFFRACTION98.67
3.49-3.670.22681600.1811444X-RAY DIFFRACTION98.89
3.67-3.90.21551600.16981436X-RAY DIFFRACTION99.07
3.9-4.210.1711600.16321438X-RAY DIFFRACTION98.89
4.21-4.630.18161560.14161408X-RAY DIFFRACTION99.05
4.63-5.290.16831600.14561437X-RAY DIFFRACTION99.25
5.29-6.660.23021590.16271433X-RAY DIFFRACTION99.69
6.66-30.890.17771590.16871426X-RAY DIFFRACTION98.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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