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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p54 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae acylated by ceftriaxone | ||||||
要素 | Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA | ||||||
キーワード | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / Penicillin-binding protein (ペニシリン結合タンパク質) / transpeptidase domain / Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, A. / Davies, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019 タイトル: Recognition of the beta-lactam carboxylate triggers acylation ofNeisseria gonorrhoeaepenicillin-binding protein 2. 著者: Singh, A. / Tomberg, J. / Nicholas, R.A. / Davies, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p54.cif.gz | 139.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p54.ent.gz | 113.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p54 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35326.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: penA / プラスミド: pMAL-C2KV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GW6011 参照: UniProt: P08149, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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-非ポリマー , 5種, 214分子
#2: 化合物 | ChemComp-NZV / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CEF / |
#4: 化合物 | ChemComp-9F2 / |
#5: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 0.1 M CHES, 40% PEG600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→35.01 Å / Num. obs: 50936 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2469 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.335 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.83→35.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.74 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.83→35.01 Å
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拘束条件 |
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