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- PDB-6ova: Crystal Structure of TYK2 with novel pyrrolidinone inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ova
タイトルCrystal Structure of TYK2 with novel pyrrolidinone inhibitor
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / Complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-17 production / MAPK3 (ERK1) activation / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of T cell proliferation / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / 細胞分化 / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / 免疫応答 / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N9G / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Skene, R.J. / Hoffman, I.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Efficient synthesis of tert-butyl 3-cyano-3-cyclopropyl-2-oxopyrrolidine-4-carboxylates: Highly functionalized 2-pyrrolidinone enabling access to novel macrocyclic Tyk2 inhibitors.
著者: Sasaki, Y. / Tokuhara, H. / Ohba, Y. / Okabe, A. / Nakayama, M. / Nakagawa, H. / Skene, R. / Hoffman, I. / Zou, H. / Yoshida, M.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2352
ポリマ－34,8451
非ポリマー3901
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.073, 48.073, 475.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 34844.863 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 884-1176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-N9G / 6-({4-[(3S)-3-cyano-3-cyclopropyl-2-oxopyrrolidin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-N,N-dimethylpyridine-3-carboxamide


分子量: 390.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 5000 MME, and 100 mM Sodium Citrate (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 12106 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 112859
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.545.60.2973821.071163.7
2.54-2.596.30.3784531.036176.5
2.59-2.647.60.3614940.961182.6
2.64-2.698.10.3495490.97189.6
2.69-2.758.50.3385910.982199.8
2.75-2.829.30.3376140.9911100
2.82-2.89100.2555891.0181100
2.89-2.9610.20.2496220.9961100
2.96-3.0510.10.1786061.0111100
3.05-3.1510.50.1666001.0061100
3.15-3.2610.30.1496230.9891100
3.26-3.3910.30.1076191.0151100
3.39-3.55100.0746201.0261100
3.55-3.7310.30.0786391.0031100
3.73-3.9710.10.0636371.0021100
3.97-4.279.90.0566291.0111100
4.27-4.79.90.0586570.9891100
4.7-5.389.60.0666661.0131100
5.38-6.789.20.0666931.0541100
6.78-508.20.0338230.973199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.54 Å41.95 Å
Translation6.54 Å41.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→24.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 24.673 / SU ML: 0.253 / SU R Cruickshank DPI: 0.5247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 574 4.8 %RANDOM
Rwork0.1968 ---
obs0.1995 11364 95.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 200.57 Å2 / Biso mean: 73.301 Å2 / Biso min: 40.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→24.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 29 50 2306
Biso mean--69.36 67.04 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0122323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.6593146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7395271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59121.694124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.45315401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1811515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021776
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 29 -
Rwork0.417 542 -
all-571 -
obs--66.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1087-1.0998-0.66361.20511.06783.1310.21460.07350.0864-0.2062-0.1215-0.01180.49270.0243-0.09310.50190.1374-0.01370.1041-0.04340.186626.14-16.325-5.872
20.3387-0.4885-0.40.9502-0.18574.36190.04640.01410.0124-0.1943-0.07240.10430.02760.23670.0260.32510.0248-0.00540.14030.0020.27826.169-9.9054
32.14661.3199-0.52990.85250.09014.8734-0.6288-0.27380.305-0.3603-0.04860.25610.91531.42230.67740.60440.34290.00370.42880.17030.162932.011-25.64518.727
40.03510.0573-0.40690.0977-0.66764.72130.0066-0.0124-0.00560.0031-0.04030.019-0.13910.16750.03370.31970.0068-0.01670.1273-0.04440.306923.754-9.53416.001
50.0135-0.05160.1390.3778-1.22744.5590.0135-0.030.0485-0.18820.0744-0.08350.5653-0.5078-0.08780.3149-0.02740.00350.32030.0180.318216.868-18.35923.99
60.0247-0.03320.14320.1725-0.96375.49090.0109-0.07640.0471-0.06280.0401-0.00650.3973-0.0239-0.0510.21580.0064-0.0140.375-0.06620.230221.471-18.21531.523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A888 - 933
2X-RAY DIFFRACTION2A942 - 984
3X-RAY DIFFRACTION3A985 - 1008
4X-RAY DIFFRACTION4A1009 - 1059
5X-RAY DIFFRACTION5A1060 - 1110
6X-RAY DIFFRACTION6A1111 - 1175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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