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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6of3 | ||||||
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タイトル | Precursor ribosomal RNA processing complex, State 1. | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Complex / Ribonuclease / Polynucleotide kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / Las1 complex / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / preribosome, large subunit precursor / maturation of LSU-rRNA / endonuclease activity / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Pillon, M.C. / Hsu, A.L. / Krahn, J.M. / Williams, J.G. / Goslen, K.H. / Sobhany, M. / Borgnia, M.J. / Stanley, R.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM reveals active site coordination within a multienzyme pre-rRNA processing complex. 著者: Monica C Pillon / Allen L Hsu / Juno M Krahn / Jason G Williams / Kevin H Goslen / Mack Sobhany / Mario J Borgnia / Robin E Stanley / 要旨: Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The ...Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The endoribonuclease (RNase) Las1 and the polynucleotide kinase (PNK) Grc3 assemble into a multienzyme complex, herein designated RNase PNK, to orchestrate processing of precursor ribosomal RNA (rRNA). RNase PNK belongs to the functionally diverse HEPN nuclease superfamily, whose members rely on distinct cues for nuclease activation. To establish how RNase PNK coordinates its dual enzymatic activities, we solved a series of cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RNase PNK in multiple conformational states. The structures reveal that RNase PNK adopts a butterfly-like architecture, harboring a composite HEPN nuclease active site flanked by discrete RNA kinase sites. We identify two molecular switches that coordinate nuclease and kinase function. Together, our structures and corresponding functional studies establish a new mechanism of HEPN nuclease activation essential for ribosome production. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6of3.cif.gz | 272 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6of3.ent.gz | 205.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6of3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6of3_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6of3_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6of3_validation.xml.gz | 43.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6of3_validation.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6of3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6of3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43842.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0066080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGE9 #2: タンパク質 | 分子量: 69660.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0016120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S263 #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex coordinates removal of a transcribed spacer. Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.234 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74582 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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