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- PDB-6of2: Precursor ribosomal RNA processing complex, State 2. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6of2
タイトルPrecursor ribosomal RNA processing complex, State 2.
要素
  • CLP1_P domain-containing protein
  • Ribonucleaseリボヌクレアーゼ
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Complex / Ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / Polynucleotide kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Las1 complex / rRNA processing / endonuclease activity / ATP binding
Las1 / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Las1-like / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop
CLP1_P domain-containing protein / Uncharacterized protein
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pillon, M.C. / Hsu, A.L. / Krahn, J.M. / Williams, J.G. / Goslen, K.H. / Sobhany, M. / Borgnia, M.J. / Stanley, R.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES103247 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2019
タイトル: Cryo-EM reveals active site coordination within a multienzyme pre-rRNA processing complex.
著者: Monica C Pillon / Allen L Hsu / Juno M Krahn / Jason G Williams / Kevin H Goslen / Mack Sobhany / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
要旨: Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The ...Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The endoribonuclease (RNase) Las1 and the polynucleotide kinase (PNK) Grc3 assemble into a multienzyme complex, herein designated RNase PNK, to orchestrate processing of precursor ribosomal RNA (rRNA). RNase PNK belongs to the functionally diverse HEPN nuclease superfamily, whose members rely on distinct cues for nuclease activation. To establish how RNase PNK coordinates its dual enzymatic activities, we solved a series of cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RNase PNK in multiple conformational states. The structures reveal that RNase PNK adopts a butterfly-like architecture, harboring a composite HEPN nuclease active site flanked by discrete RNA kinase sites. We identify two molecular switches that coordinate nuclease and kinase function. Together, our structures and corresponding functional studies establish a new mechanism of HEPN nuclease activation essential for ribosome production.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20040
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease
B: CLP1_P domain-containing protein
D: Ribonuclease
E: CLP1_P domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,1028
ポリマ-227,0074
非ポリマー1,0954
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease / リボヌクレアーゼ


分子量: 43842.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0066080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGE9
#2: タンパク質 CLP1_P domain-containing protein


分子量: 69660.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0016120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S263
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン / マグネシウム


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
Has ligand of interestY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex / タイプ: COMPLEX
詳細: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex coordinates removal of a transcribed spacer.
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 0.234 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70561 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
精密化-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611364
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96515520
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.1036772
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051736
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071980

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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