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- PDB-6oa8: Superfolder Green Fluorescent Protein with 4-cyano-L-phenylalanin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oa8
タイトルSuperfolder Green Fluorescent Protein with 4-cyano-L-phenylalanine at the chromophore (position 66)
要素Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Unnatural amino acid (タンパク質を構成しないアミノ酸) / chromophore (発色団)
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Piacentini, J. / Olenginski, G.M. / Brewer, S.H. / Phillips-Piro, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM121984 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1053946 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021
タイトル: Structural and spectrophotometric investigation of two unnatural amino-acid altered chromophores in the superfolder green fluorescent protein
著者: Olenginski, G.M. / Piacentini, J. / Harris, D.R. / Runko, N. / Papoutsis, B.M. / Alter, J.R. / Hess, K.R. / Brewer, S.H. / Phillips-Piro, C.M.
履歴
登録2019年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / cell / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / symmetry
Item: _cell.volume / _chem_comp.formula ..._cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Model completeness
詳細: Since the earlier submission we have added a number of solvent molecules, riding hydrogens atoms, and a few alternate conformations of side chains upon the suggestion of the editor of our ...詳細: Since the earlier submission we have added a number of solvent molecules, riding hydrogens atoms, and a few alternate conformations of side chains upon the suggestion of the editor of our manuscript currently under review at Acta cryst D.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,95416
ポリマ－26,9071
非ポリマー1,04715
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: sfGFP is a known monomeric protein and our mutation at the chromophore did not change that.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area11540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.266, 55.266, 166.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-315-

NA

21A-420-

HOH

31A-606-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 26907.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: gfp
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: P42212*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細R30/S72/R80/V206 sequence differences are due to the super folder GFP sequence

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0 M ammonium sulfate, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→165.76 Å / Num. obs: 55127 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 14.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2740 / CC1/2: 0.393 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p


解像度: 1.37→52.45 Å / SU ML: 0.1558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.8223
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 2739 4.98 %
Rwork0.1613 52237 -
obs0.1627 54976 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→52.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 56 325 2246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12992960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0872314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0107391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1242800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.390.3461250.31962400X-RAY DIFFRACTION92.97
1.39-1.420.32121360.27092577X-RAY DIFFRACTION98.87
1.42-1.450.2571320.24922529X-RAY DIFFRACTION99.03
1.45-1.480.28221330.23242553X-RAY DIFFRACTION99.15
1.48-1.510.22681360.21812572X-RAY DIFFRACTION99.34
1.51-1.540.21361340.22072564X-RAY DIFFRACTION99.26
1.54-1.580.24931360.20252577X-RAY DIFFRACTION99.52
1.58-1.620.23121350.17792594X-RAY DIFFRACTION99.53
1.62-1.670.23111370.1822584X-RAY DIFFRACTION99.6
1.67-1.730.18181340.17392576X-RAY DIFFRACTION99.74
1.73-1.790.17251380.16392616X-RAY DIFFRACTION99.75
1.79-1.860.17621330.16142597X-RAY DIFFRACTION99.85
1.86-1.940.19521360.15592610X-RAY DIFFRACTION99.96
1.94-2.050.19371450.15122624X-RAY DIFFRACTION99.96
2.05-2.170.17431550.14012608X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.340.15051350.1462646X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.580.1761320.14392665X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.950.17431340.15352699X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.720.16281490.1372734X-RAY DIFFRACTION99.93
3.72-52.450.18451440.15162912X-RAY DIFFRACTION99.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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