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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o97 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with propylamycin and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.75A resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME/ANTIBIOTIC / Propylamycin / aminoglycosides (アミノグリコシド系抗生物質) / antibiotic (抗生物質) / 70S ribosome (リボソーム) / inhibition of translation / decoding center / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Matsushita, T. / Sati, G.C. / Kondasinghe, N. / Pirrone, M.G. / Kato, T. / Waduge, P. / Kumar, H.S. / Sanchon, A.C. / Dobosz-Bartoszek, M. / Shcherbakov, D. ...Matsushita, T. / Sati, G.C. / Kondasinghe, N. / Pirrone, M.G. / Kato, T. / Waduge, P. / Kumar, H.S. / Sanchon, A.C. / Dobosz-Bartoszek, M. / Shcherbakov, D. / Juhas, M. / Hobbie, S.N. / Schrepfer, T. / Chow, C.S. / Polikanov, Y.S. / Schacht, J. / Vasella, A. / Bottger, E.C. / Crich, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019 タイトル: Design, Multigram Synthesis, and in Vitro and in Vivo Evaluation of Propylamycin: A Semisynthetic 4,5-Deoxystreptamine Class Aminoglycoside for the Treatment of Drug-Resistant ...タイトル: Design, Multigram Synthesis, and in Vitro and in Vivo Evaluation of Propylamycin: A Semisynthetic 4,5-Deoxystreptamine Class Aminoglycoside for the Treatment of Drug-Resistant Enterobacteriaceae and Other Gram-Negative Pathogens. 著者: Matsushita, T. / Sati, G.C. / Kondasinghe, N. / Pirrone, M.G. / Kato, T. / Waduge, P. / Kumar, H.S. / Sanchon, A.C. / Dobosz-Bartoszek, M. / Shcherbakov, D. / Juhas, M. / Hobbie, S.N. / ...著者: Matsushita, T. / Sati, G.C. / Kondasinghe, N. / Pirrone, M.G. / Kato, T. / Waduge, P. / Kumar, H.S. / Sanchon, A.C. / Dobosz-Bartoszek, M. / Shcherbakov, D. / Juhas, M. / Hobbie, S.N. / Schrepfer, T. / Chow, C.S. / Polikanov, Y.S. / Schacht, J. / Vasella, A. / Bottger, E.C. / Crich, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o97.cif.gz | 7.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o97.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6o97.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o97 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4y4pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 14分子 1A2A1B2B1a2a1v2v1w1y2w2y1x2x
#1: RNA鎖 | 分子量: 948007.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 #2: RNA鎖 | 分子量: 39188.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 #32: RNA鎖 | 分子量: 493864.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 #53: RNA鎖 | 分子量: 8762.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 24-nt M-V-Stop mRNA / 由来: (合成) Enterobacteria phage T4 (ファージ) #54: RNA鎖 | 分子量: 24617.768 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deacylated Valyl-tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 #55: RNA鎖 | 分子量: 24846.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deacylated Initiator Methionyl-tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...
#33: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371 #34: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372 #35: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373 #36: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #37: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #38: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291 #39: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9 #40: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374 #41: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #42: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376 #43: タンパク質 | 分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #44: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377 #45: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6 #46: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #47: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #48: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7 #49: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #50: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #51: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380 #52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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-非ポリマー , 6種, 7469分子
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-LUJ / ( #58: 化合物 | #59: 化合物 | ChemComp-ZN / #60: 化合物 | #61: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 % / 解説: Long needles |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日 / 詳細: S/N 60-0112-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→254.428 Å / Num. obs: 1475480 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.248 % / Biso Wilson estimate: 52.41 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rrim(I) all: 0.244 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 6.97 / Num. measured all: 6267855 / Scaling rejects: 2927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Y4P 解像度: 2.75→254.428 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.96
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 129.59 Å2 / Biso mean: 53.2793 Å2 / Biso min: 5.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.75→254.428 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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