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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o6r | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the TRPM8 cold receptor by single particle electron cryo-microscopy, AMTB-bound state | |||||||||||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 | |||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Ion Channel / TRPM8 | |||||||||||||||
機能・相同性 | Chem-9PE / Chem-LQ7 / UNDECANE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Parus major (シジュウカラ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Diver, M.M. / Cheng, Y. / Julius, D. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Structural insights into TRPM8 inhibition and desensitization. 著者: Melinda M Diver / Yifan Cheng / David Julius / 要旨: The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) ion channel is the primary detector of environmental cold and an important target for treating pathological cold hypersensitivity. Here, we ...The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) ion channel is the primary detector of environmental cold and an important target for treating pathological cold hypersensitivity. Here, we present cryo-electron microscopy structures of TRPM8 in ligand-free, antagonist-bound, or calcium-bound forms, revealing how robust conformational changes give rise to two nonconducting states, closed and desensitized. We describe a malleable ligand-binding pocket that accommodates drugs of diverse chemical structures, and we delineate the ion permeation pathway, including the contribution of lipids to pore architecture. Furthermore, we show that direct calcium binding mediates stimulus-evoked desensitization, clarifying this important mechanism of sensory adaptation. We observe large rearrangements within the S4-S5 linker that reposition the S1-S4 and pore domains relative to the TRP helix, leading us to propose a distinct model for modulation of TRPM8 and possibly other TRP channels. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o6r.cif.gz | 624.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o6r.ent.gz | 502.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o6r_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o6r_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6o6r_validation.xml.gz | 102.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o6r_validation.cif.gz | 146.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o6r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 126989.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parus major (シジュウカラ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 5種, 28分子
#2: 化合物 | ChemComp-Y01 / #3: 化合物 | ChemComp-UND / #4: 化合物 | ChemComp-9PE / ( #5: 化合物 | ChemComp-LQ7 / #6: 化合物 | ChemComp-NA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Parus major (シジュウカラ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92836 / 対称性のタイプ: POINT |