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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nwg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with fragment analogue 3a | ||||||
要素 | ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD | ||||||
キーワード | Ligase (リガーゼ) / Transferase (転移酵素) / enzyme (酵素) / nucleotide triphosphate binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デチオビオチン合成酵素 / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.939 Å | ||||||
データ登録者 | Thompson, A.P. / Polyak, S.W. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with fragment analogue 3a 著者: Thompson, A.P. / Polyak, S.W. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nwg.cif.gz | 185.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nwg.ent.gz | 145.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nwg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6cveS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23285.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioD, Rv1570, MTCY336.33c / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPQ5, デチオビオチン合成酵素 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.7 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 7 and 20% glycerol. Ligand complex was generated via precipitant-ligand exchange |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.94→47.37 Å / Num. obs: 68983 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 927834 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6CVE 解像度: 1.939→45.97 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.59 Å2 / Biso mean: 41.1975 Å2 / Biso min: 16.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.939→45.97 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9392→1.9658 Å
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