PDB-6nd9: RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH CALCIUM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nd9

タイトル

RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH CALCIUM

要素

(Snaclec rhodocetin subunit ...) x 2
Integrin alpha-2

キーワード

CELL ADHESION/TOXIN /

C-TYPE LECTIN /

INTEGRIN (インテグリン) /

VENOM (毒液) /

COAGULATION (凝固・線溶系) /

CELL ADHESION (細胞接着) / CELL ADHESION-TOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid / skin morphogenesis ...

collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid / skin morphogenesis / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / positive regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of phagocytosis, engulfment / collagen-activated signaling pathway / Platelet Adhesion to exposed collagen /

mammary gland development / hepatocyte differentiation / mesodermal cell differentiation /

focal adhesion assembly /

heparan sulfate proteoglycan binding / response to muscle activity /

integrin complex / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / MET activates PTK2 signaling / Syndecan interactions / positive regulation of epithelial cell migration / cell-substrate adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to amine / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / positive regulation of collagen biosynthetic process / Integrin cell surface interactions /

laminin binding / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / axon terminus /

collagen binding / cell-matrix adhesion / positive regulation of translation / female pregnancy / cellular response to estradiol stimulus / integrin-mediated signaling pathway / animal organ morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation /

細胞接着 / cellular response to mechanical stimulus /

凝固・線溶系 /

integrin binding / virus receptor activity /

amyloid-beta binding /

toxin activity / response to hypoxia /

細胞接着 / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane /

focal adhesion / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm /

細胞膜 / extracellular region /

metal ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Calloselasma rhodostoma (ヘビ)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN AND CALCIUM
著者: Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C.

履歴

登録	2018年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nd9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5thpS S: 精密化の開始モデル
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リンク

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インテグリン (Integrin)
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組織因子 (Tissue Factor)
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アミロイド (Amyloids)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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プロテアソーム (Proteasome)
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類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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コレラ毒素 (Cholera Toxin)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Snaclec rhodocetin subunit gamma

B: Snaclec rhodocetin subunit delta

C: Integrin alpha-2

D: Snaclec rhodocetin subunit gamma

E: Snaclec rhodocetin subunit delta

F: Integrin alpha-2

G: Snaclec rhodocetin subunit gamma

H: Snaclec rhodocetin subunit delta

I: Integrin alpha-2

J: Snaclec rhodocetin subunit gamma

K: Snaclec rhodocetin subunit delta

L: Integrin alpha-2

M: Snaclec rhodocetin subunit gamma

N: Snaclec rhodocetin subunit delta

O: Integrin alpha-2

P: Snaclec rhodocetin subunit gamma

Q: Snaclec rhodocetin subunit delta

R: Integrin alpha-2

ヘテロ分子

328 kDa, 18 ポリマー
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1

A: Snaclec rhodocetin subunit gamma

B: Snaclec rhodocetin subunit delta

C: Integrin alpha-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: cross-linking
54.8 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Snaclec rhodocetin subunit gamma

E: Snaclec rhodocetin subunit delta

F: Integrin alpha-2

ヘテロ分子

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54.8 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Snaclec rhodocetin subunit gamma

H: Snaclec rhodocetin subunit delta

I: Integrin alpha-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Snaclec rhodocetin subunit gamma

K: Snaclec rhodocetin subunit delta

L: Integrin alpha-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 3 ポリマー
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5

M: Snaclec rhodocetin subunit gamma

N: Snaclec rhodocetin subunit delta

O: Integrin alpha-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.6 kDa, 3 ポリマー
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6

P: Snaclec rhodocetin subunit gamma

Q: Snaclec rhodocetin subunit delta

R: Integrin alpha-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	131.044, 131.044, 251.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	SER	SER	A	A	3 - 133	3 - 133
2	1	ASN	ASN	SER	SER	D	D	3 - 133	3 - 133
1	2	ASN	ASN	SER	SER	A	A	3 - 133	3 - 133
2	2	ASN	ASN	SER	SER	G	G	3 - 133	3 - 133
1	3	ASN	ASN	SER	SER	A	A	3 - 133	3 - 133
2	3	ASN	ASN	SER	SER	J	J	3 - 133	3 - 133
1	4	ASN	ASN	SER	SER	A	A	3 - 133	3 - 133
2	4	ASN	ASN	SER	SER	M	M	3 - 133	3 - 133
1	5	ASN	ASN	SER	SER	A	A	3 - 133	3 - 133
2	5	ASN	ASN	SER	SER	P	P	3 - 133	3 - 133
1	6	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	1 - 122	1 - 122
2	6	CYS	CYS	PHE	PHE	E	E	1 - 122	1 - 122
1	7	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	1 - 122	1 - 122
2	7	CYS	CYS	PHE	PHE	H	H	1 - 122	1 - 122
1	8	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	1 - 122	1 - 122
2	8	CYS	CYS	PHE	PHE	K	K	1 - 122	1 - 122
1	9	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	1 - 122	1 - 122
2	9	CYS	CYS	PHE	PHE	N	N	1 - 122	1 - 122
1	10	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	1 - 122	1 - 122
2	10	CYS	CYS	PHE	PHE	Q	Q	1 - 122	1 - 122
1	11	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	172 - 362	23 - 213
2	11	LEU	LEU	PHE	PHE	F	F	172 - 362	23 - 213
1	12	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	172 - 362	23 - 213
2	12	LEU	LEU	PHE	PHE	I	I	172 - 362	23 - 213
1	13	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	172 - 362	23 - 213
2	13	LEU	LEU	PHE	PHE	L	L	172 - 362	23 - 213
1	14	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	172 - 362	23 - 213
2	14	LEU	LEU	PHE	PHE	O	O	172 - 362	23 - 213
1	15	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	172 - 362	23 - 213
2	15	LEU	LEU	PHE	PHE	R	R	172 - 362	23 - 213
1	16	ASN	ASN	SER	SER	D	D	3 - 133	3 - 133
2	16	ASN	ASN	SER	SER	G	G	3 - 133	3 - 133
1	17	ASN	ASN	SER	SER	D	D	3 - 133	3 - 133
2	17	ASN	ASN	SER	SER	J	J	3 - 133	3 - 133
1	18	ASN	ASN	SER	SER	D	D	3 - 133	3 - 133
2	18	ASN	ASN	SER	SER	M	M	3 - 133	3 - 133
1	19	ASN	ASN	SER	SER	D	D	3 - 133	3 - 133
2	19	ASN	ASN	SER	SER	P	P	3 - 133	3 - 133
1	20	CYS	CYS	PHE	PHE	E	E	1 - 122	1 - 122
2	20	CYS	CYS	PHE	PHE	H	H	1 - 122	1 - 122
1	21	CYS	CYS	PHE	PHE	E	E	1 - 122	1 - 122
2	21	CYS	CYS	PHE	PHE	K	K	1 - 122	1 - 122
1	22	CYS	CYS	PHE	PHE	E	E	1 - 122	1 - 122
2	22	CYS	CYS	PHE	PHE	N	N	1 - 122	1 - 122
1	23	CYS	CYS	PHE	PHE	E	E	1 - 122	1 - 122
2	23	CYS	CYS	PHE	PHE	Q	Q	1 - 122	1 - 122
1	24	LEU	LEU	PHE	PHE	F	F	172 - 362	23 - 213
2	24	LEU	LEU	PHE	PHE	I	I	172 - 362	23 - 213
1	25	LEU	LEU	PHE	PHE	F	F	172 - 362	23 - 213
2	25	LEU	LEU	PHE	PHE	L	L	172 - 362	23 - 213
1	26	LEU	LEU	PHE	PHE	F	F	172 - 362	23 - 213
2	26	LEU	LEU	PHE	PHE	O	O	172 - 362	23 - 213
1	27	LEU	LEU	PHE	PHE	F	F	172 - 362	23 - 213
2	27	LEU	LEU	PHE	PHE	R	R	172 - 362	23 - 213
1	28	ASN	ASN	SER	SER	G	G	3 - 133	3 - 133
2	28	ASN	ASN	SER	SER	J	J	3 - 133	3 - 133
1	29	ASN	ASN	SER	SER	G	G	3 - 133	3 - 133
2	29	ASN	ASN	SER	SER	M	M	3 - 133	3 - 133
1	30	ASN	ASN	SER	SER	G	G	3 - 133	3 - 133
2	30	ASN	ASN	SER	SER	P	P	3 - 133	3 - 133
1	31	CYS	CYS	PHE	PHE	H	H	1 - 122	1 - 122
2	31	CYS	CYS	PHE	PHE	K	K	1 - 122	1 - 122
1	32	CYS	CYS	PHE	PHE	H	H	1 - 122	1 - 122
2	32	CYS	CYS	PHE	PHE	N	N	1 - 122	1 - 122
1	33	CYS	CYS	PHE	PHE	H	H	1 - 122	1 - 122
2	33	CYS	CYS	PHE	PHE	Q	Q	1 - 122	1 - 122
1	34	LEU	LEU	PHE	PHE	I	I	172 - 362	23 - 213
2	34	LEU	LEU	PHE	PHE	L	L	172 - 362	23 - 213
1	35	LEU	LEU	PHE	PHE	I	I	172 - 362	23 - 213
2	35	LEU	LEU	PHE	PHE	O	O	172 - 362	23 - 213
1	36	LEU	LEU	PHE	PHE	I	I	172 - 362	23 - 213
2	36	LEU	LEU	PHE	PHE	R	R	172 - 362	23 - 213
1	37	ASN	ASN	SER	SER	J	J	3 - 133	3 - 133
2	37	ASN	ASN	SER	SER	M	M	3 - 133	3 - 133
1	38	ASN	ASN	SER	SER	J	J	3 - 133	3 - 133
2	38	ASN	ASN	SER	SER	P	P	3 - 133	3 - 133
1	39	CYS	CYS	PHE	PHE	K	K	1 - 122	1 - 122
2	39	CYS	CYS	PHE	PHE	N	N	1 - 122	1 - 122
1	40	CYS	CYS	PHE	PHE	K	K	1 - 122	1 - 122
2	40	CYS	CYS	PHE	PHE	Q	Q	1 - 122	1 - 122
1	41	LEU	LEU	PHE	PHE	L	L	172 - 362	23 - 213
2	41	LEU	LEU	PHE	PHE	O	O	172 - 362	23 - 213
1	42	LEU	LEU	PHE	PHE	L	L	172 - 362	23 - 213
2	42	LEU	LEU	PHE	PHE	R	R	172 - 362	23 - 213
1	43	ASN	ASN	SER	SER	M	M	3 - 133	3 - 133
2	43	ASN	ASN	SER	SER	P	P	3 - 133	3 - 133
1	44	CYS	CYS	PHE	PHE	N	N	1 - 122	1 - 122
2	44	CYS	CYS	PHE	PHE	Q	Q	1 - 122	1 - 122
1	45	LEU	LEU	PHE	PHE	O	O	172 - 362	23 - 213
2	45	LEU	LEU	PHE	PHE	R	R	172 - 362	23 - 213

NCSアンサンブル:

-
Snaclec rhodocetin subunit ... , 2種, 12分子 ADGJMPBEHKNQ

#1: タンパク質	Snaclec rhodocetin subunit gamma 分子量: 15741.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW39
#2: タンパク質	Snaclec rhodocetin subunit delta 分子量: 14875.982 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW40

-
タンパク質 , 1種, 6分子 CFILOR

#3: タンパク質	Integrin alpha-2 / CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / ...CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / VLA-2 subunit alpha 分子量: 23737.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2, CD49B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17301

#3: タンパク質

Integrin alpha-2 / CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / ...

分子量: 23737.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2, CD49B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17301

-
非ポリマー , 7種, 43分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.23 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS, 2.65 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月27日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→131.044 Å / Num. obs: 93403 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.124 / R_sym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 6.5 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.9-3.06	6.4	0.6	1.3	13623	0.258	0.654	0.6	100
3.06-3.24	6.4	0.376	2.1	12889	0.161	0.409	0.376	100
3.24-3.47	6.4	0.235	3.3	12112	0.101	0.256	0.235	100
3.47-3.74	6.4	0.148	5.2	11283	0.063	0.161	0.148	100
3.74-4.1	6.4	0.105	7.3	10403	0.045	0.114	0.105	100
4.1-4.59	6.4	0.074	10	9386	0.032	0.08	0.074	100
4.59-5.29	6.4	0.066	11.1	8285	0.028	0.072	0.066	100
5.29-6.48	6.5	0.073	10	7022	0.031	0.08	0.073	100
6.48-9.17	6.5	0.045	14.5	5424	0.019	0.049	0.045	99.9
9.17-48.016	6.3	0.029	21	2976	0.012	0.032	0.029	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
REFMAC	5.8.0238	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5THP

5thp

解像度: 2.9→48.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 17.424 / SU ML: 0.324 / SU R Cruickshank DPI: 2.0364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.036 / ESU R Free: 0.396 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	4578	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2292	-	-	-
obs	0.2313	88792	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.73 Å² / B_iso mean: 49.621 Å² / B_iso min: 15.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→48.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21486	0	107	10	21603
B_iso mean	-	-	73.43	22.92	-
残基数	-	-	-	-	2664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	22142
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	19680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.39	1.637	30010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.207	1.579	45646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.586	5	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.012	22.463	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.951	15	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.253	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	24744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5028

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4104	0.08
1	2	D	4104	0.08
2	1	A	4095	0.08
2	2	G	4095	0.08
3	1	A	4110	0.08
3	2	J	4110	0.08
4	1	A	3965	0.11
4	2	M	3965	0.11
5	1	A	4003	0.1
5	2	P	4003	0.1
6	1	B	3717	0.1
6	2	E	3717	0.1
7	1	B	3749	0.09
7	2	H	3749	0.09
8	1	B	3820	0.09
8	2	K	3820	0.09
9	1	B	3785	0.09
9	2	N	3785	0.09
10	1	B	3758	0.1
10	2	Q	3758	0.1
11	1	C	5930	0.1
11	2	F	5930	0.1
12	1	C	5951	0.09
12	2	I	5951	0.09
13	1	C	6111	0.06
13	2	L	6111	0.06
14	1	C	5982	0.09
14	2	O	5982	0.09
15	1	C	5966	0.09
15	2	R	5966	0.09
16	1	D	4161	0.07
16	2	G	4161	0.07
17	1	D	4057	0.09
17	2	J	4057	0.09
18	1	D	3983	0.11
18	2	M	3983	0.11
19	1	D	4001	0.11
19	2	P	4001	0.11
20	1	E	3837	0.08
20	2	H	3837	0.08
21	1	E	3694	0.11
21	2	K	3694	0.11
22	1	E	3721	0.1
22	2	N	3721	0.1
23	1	E	3726	0.11
23	2	Q	3726	0.11
24	1	F	6069	0.07
24	2	I	6069	0.07
25	1	F	5913	0.09
25	2	L	5913	0.09
26	1	F	5904	0.1
26	2	O	5904	0.1
27	1	F	5893	0.1
27	2	R	5893	0.1
28	1	G	4079	0.08
28	2	J	4079	0.08
29	1	G	3969	0.1
29	2	M	3969	0.1
30	1	G	3993	0.1
30	2	P	3993	0.1
31	1	H	3728	0.1
31	2	K	3728	0.1
32	1	H	3722	0.11
32	2	N	3722	0.11
33	1	H	3696	0.11
33	2	Q	3696	0.11
34	1	I	5974	0.09
34	2	L	5974	0.09
35	1	I	5935	0.1
35	2	O	5935	0.1
36	1	I	5912	0.1
36	2	R	5912	0.1
37	1	J	3920	0.11
37	2	M	3920	0.11
38	1	J	3942	0.11
38	2	P	3942	0.11
39	1	K	3794	0.1
39	2	N	3794	0.1
40	1	K	3769	0.1
40	2	Q	3769	0.1
41	1	L	5978	0.08
41	2	O	5978	0.08
42	1	L	5961	0.09
42	2	R	5961	0.09
43	1	M	4051	0.09
43	2	P	4051	0.09
44	1	N	3880	0.07
44	2	Q	3880	0.07
45	1	O	6152	0.06
45	2	R	6152	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	315	-
R_work	0.31	6580	-
all	-	6895	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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