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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n8o | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Rpl10-inserted (RI) pre-60S ribosomal subunit | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / ribosome biogenesis / Nmd3 / peptidyl transferase center | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ascospore wall assembly / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / preribosome binding / positive regulation of autophagosome assembly / mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to nitrogen starvation / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide ...ascospore wall assembly / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / preribosome binding / positive regulation of autophagosome assembly / mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to nitrogen starvation / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / meiotic cell cycle / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / protein-tyrosine-phosphatase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / protein tyrosine phosphatase activity / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / autophagy / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein tag activity / protein transport / ribosome biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhou, Y. / Musalgaonkar, S. / Johnson, A.W. / Taylor, D.W. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Tightly-orchestrated rearrangements govern catalytic center assembly of the ribosome. 著者: Yi Zhou / Sharmishtha Musalgaonkar / Arlen W Johnson / David W Taylor / 要旨: The catalytic activity of the ribosome is mediated by RNA, yet proteins are essential for the function of the peptidyl transferase center (PTC). In eukaryotes, final assembly of the PTC occurs in the ...The catalytic activity of the ribosome is mediated by RNA, yet proteins are essential for the function of the peptidyl transferase center (PTC). In eukaryotes, final assembly of the PTC occurs in the cytoplasm by insertion of the ribosomal protein Rpl10 (uL16). We determine structures of six intermediates in late nuclear and cytoplasmic maturation of the large subunit that reveal a tightly-choreographed sequence of protein and RNA rearrangements controlling the insertion of Rpl10. We also determine the structure of the biogenesis factor Yvh1 and show how it promotes assembly of the P stalk, a critical element for recruitment of GTPases that drive translation. Together, our structures provide a blueprint for final assembly of a functional ribosome. | ||||||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6n8o.cif.gz | 2.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n8o.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6n8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6n8o_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6n8o_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6n8o_validation.xml.gz | 215.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6n8o_validation.cif.gz | 383.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/6n8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/6n8o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0374MC 0369C 0370C 0371C 0372C 0373C 6n8jC 6n8kC 6n8lC 6n8mC 6n8nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: REF: 831416132 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1329886537 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1489318609 |
-タンパク質 , 7種, 7分子 YXLWVSz
#4: タンパク質 | 分子量: 41242.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02256, protein-tyrosine-phosphatase |
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#5: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15951.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX53*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 72838.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P53145, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
#8: タンパク質 | 分子量: 59167.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38861 |
#23: タンパク質 | 分子量: 18485.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
#49: タンパク質 | 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08 |
+60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 DEFGHIJKZMNOQRabcdefghijklmnop...
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rpl10-inserted (RI) pre-60S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112292 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5T62 |