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- PDB-6miv: Crystal structure of the mCD1d/xxq (JJ300)/iNKTCR ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6miv
タイトルCrystal structure of the mCD1d/xxq (JJ300)/iNKTCR ternary complex
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • Beta-chain,Tcell receptor chain,T cell receptor beta constant 2
  • T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN,Human nkt tcr alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC-fold / Ig-fold / glycolipid antigen presentation / T cell receptor (T細胞受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / lipid antigen binding / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / lipid antigen binding / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / T cell receptor complex / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of membrane depolarization / alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of immune response / cellular defense response / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cell adhesion molecule binding / T cell receptor binding / response to bacterium / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of T cell activation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / late endosome / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / antibacterial humoral response / iron ion transport / histone binding / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / protein homotetramerization / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular iron ion homeostasis / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / 獲得免疫系 / リソソーム / learning or memory / エンドソーム / endosome membrane / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / structural molecule activity / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JU1 / T cell receptor alpha variable 11 / CD1d1 antigen / T cell receptor beta constant 2 / Tcell receptor chain / Beta-chain / Human nkt tcr alpha chain / Β2-ミクログロブリン / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Bitra, A. / Janssens, J.
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2019
タイトル: 4"-O-Alkylated alpha-Galactosylceramide Analogues as iNKT-Cell Antigens: Synthetic, Biological, and Structural Studies.
著者: Janssens, J. / Bitra, A. / Wang, J. / Decruy, T. / Venken, K. / van der Eycken, J. / Elewaut, D. / Zajonc, D.M. / van Calenbergh, S.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl / exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pH
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN,Human nkt tcr alpha chain
D: Beta-chain,Tcell receptor chain,T cell receptor beta constant 2
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,03415
ポリマ－94,3764
非ポリマー2,65811
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11270 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area36950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.976, 191.441, 151.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN,Human nkt tcr alpha chain / T cell receptor alpha variable 11D / T cell receptor alpha variable 11D / Human nkt tcr beta chain ...T cell receptor alpha variable 11D / T cell receptor alpha variable 11D / Human nkt tcr beta chain / Human nkt tcr beta chain


分子量: 23055.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Trav11, Trav11d, Traj18, B2M, HDCMA22P / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B4J1J9, UniProt: K7N5M3
#2: タンパク質 Beta-chain,Tcell receptor chain,T cell receptor beta constant 2


分子量: 27026.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: pET22b+ / 遺伝子: TRBC2, TCRBC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2NTY6, UniProt: A0N8J3, UniProt: A0A5B9
#3: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / MCG3074 / isoform CRA_a


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, mCG_3074 / プラスミド: pBACpHp10 / 詳細 (発現宿主): dual promotor / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0R4J090, UniProt: P11609*PLUS
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pBACp10pH / 詳細 (発現宿主): dual promotor / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01887

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糖 , 3種, 3分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 407分子

#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-JU1 / N-[(2S,3S,4R)-1-({4-O-[(4-tert-butylphenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide


分子量: 1004.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C61H113NO9
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 71307 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 426228
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.124.60.61467230.7360.3090.6910.57793.5
2.12-2.215.30.49169530.8720.2310.5450.59396.7
2.21-2.316.10.42171690.9250.1850.4610.62399.4
2.31-2.436.20.32271460.9510.140.3510.62899.2
2.43-2.5860.24271230.9670.1070.2650.67198.7
2.58-2.786.20.17170500.9810.0740.1870.72997.4
2.78-3.066.40.12172330.990.0520.1320.85699.4
3.06-3.516.20.09371050.9930.040.1011.32697.6
3.51-4.426.60.08173190.9920.0340.0882.04999.7
4.42-506.10.08274860.9910.0360.093.23998.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IRS

4irs


解像度: 2.05→41.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.163 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.148
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 3613 5.1 %RANDOM
Rwork0.1849 ---
obs0.1867 67239 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.56 Å2 / Biso mean: 38.54 Å2 / Biso min: 22.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--2.19 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→41.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6338 0 178 399 6915
Biso mean--48.41 42.88 -
残基数----809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0146691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0185747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0881.6889101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8051.69313496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8665803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71922.627335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.845151019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7351535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021270
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 233 -
Rwork0.252 4731 -
all-4964 -
obs--93.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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