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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m2b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with S416 | ||||||
要素 | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrialジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, L. / Li, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Novel and potent inhibitors targeting DHODH are broad-spectrum antivirals against RNA viruses including newly-emerged coronavirus SARS-CoV-2. 著者: Xiong, R. / Zhang, L. / Li, S. / Sun, Y. / Ding, M. / Wang, Y. / Zhao, Y. / Wu, Y. / Shang, W. / Jiang, X. / Shan, J. / Shen, Z. / Tong, Y. / Xu, L. / Chen, Y. / Liu, Y. / Zou, G. / ...著者: Xiong, R. / Zhang, L. / Li, S. / Sun, Y. / Ding, M. / Wang, Y. / Zhao, Y. / Wu, Y. / Shang, W. / Jiang, X. / Shan, J. / Shen, Z. / Tong, Y. / Xu, L. / Chen, Y. / Liu, Y. / Zou, G. / Lavillete, D. / Zhao, Z. / Wang, R. / Zhu, L. / Xiao, G. / Lan, K. / Li, H. / Xu, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m2b.cif.gz | 93 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m2b.ent.gz | 67.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m2b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ls1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42636.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q02127, ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-ORO / |
#4: 化合物 | ChemComp-EZO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1M acetate, 40mM UDAO, 20.8mM N,N-dimethyldecylamine-N-oxide (DDAO), 2mM DHO, 1.6-1.8M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97852 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→61.09 Å / Num. obs: 58612 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.86 Å / Num. unique obs: 8478 / CC1/2: 0.936 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LS1 解像度: 1.76→48.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.444 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.64 Å2 / Biso mean: 19.346 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→48.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.806 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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