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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lst | ||||||
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タイトル | Crystal straucture of Uso1-1 | ||||||
要素 | Intracellular protein transport protein USO1Glossary of biology | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Tethering (テザリング) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Golgi vesicle docking / vesicle fusion with Golgi apparatus / COPI-mediated anterograde transport / ゴルジ体 / SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / membrane fusion / 細胞骨格 ...Golgi vesicle docking / vesicle fusion with Golgi apparatus / COPI-mediated anterograde transport / ゴルジ体 / SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / membrane fusion / 細胞骨格 / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Heo, Y.Y. / Lee, H.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Crystal structures of Uso1 membrane tether reveal an alternative conformation in the globular head domain 著者: Heo, Y. / Yoon, H.J. / Ko, H. / Jang, S. / Lee, H.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lst.cif.gz | 148.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lst.ent.gz | 112.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lst.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/6lst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/6lst | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83280.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: USO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25386 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 2.5 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 31647 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 2.779 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 282039 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2W3C 解像度: 2.94→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 25.373 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.069 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 219.16 Å2 / Biso mean: 72.959 Å2 / Biso min: 34.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.94→49.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.94→3.016 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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