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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lb0 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of HEV VLP in complex with Fab 8C11 | |||||||||
要素 | Protein ORF2 | |||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / HEV / Neutralizing antibody / immune-complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / RNA binding ...T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / RNA binding / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng, Q. / He, M. / Li, S. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Viral neutralization by antibody-imposed physical disruption. 著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / ...著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / Daning Wang / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical ...In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical disruption of a virus upon nAb binding. We report the neutralization mechanism of a potent nAb 8C11 against the hepatitis E virus (HEV), a nonenveloped positive-sense single-stranded RNA virus associated with abundant acute hepatitis. The 8C11 binding flanks the protrusion spike of the HEV viruslike particles (VLPs) and leads to tremendous physical collision between the antibody and the capsid, dissociating the VLPs into homodimer species within 2 h. Cryo-electron microscopy reconstruction of the dissociation intermediates at an earlier (15-min) stage revealed smeared protrusion spikes and a loss of icosahedral symmetry with the capsid core remaining unchanged. This structural disruption leads to the presence of only a few native HEV virions in the ultracentrifugation pellet and exposes the viral genome. Conceptually, we propose a strategy to raise collision-inducing nAbs against single spike moieties that feature in the context of the entire pathogen at positions where the neighboring space cannot afford to accommodate an antibody. This rationale may facilitate unique vaccine development and antimicrobial antibody design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lb0.cif.gz | 71.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lb0.ent.gz | 50 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lb0_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lb0_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lb0_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lb0_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lb0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51303.062 Da / 分子数: 1 / 変異: P162S,N200S,A511S,L569I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: A0A4P6DD72, UniProt: P33426*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hepatitis E virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3259: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4259 / 対称性のタイプ: POINT |