PDB-6ksr: Crystal structure of Hexokinase from Eimeria tenella

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ksr

タイトル

Crystal structure of Hexokinase from Eimeria tenella

要素

Phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Hexokinase (ヘキソキナーゼ) /

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)

機能・相同性

機能・相同性情報

hexokinase activity /

転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） /

glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Yuan, H. / Sun, M.F. / Wang, Y.H. / Liao, S.Q.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Hexokinase from Eimeria tenella
著者: Yuan, H. / Sun, M.F. / Wang, Y.H. / Liao, S.Q.

履歴

登録	2019年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ksr.cif.gz	276.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ksr.ent.gz	186.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ksr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hexS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6krj-d 3kfc-1 4rg4-d 6nca-20 1fzm-d 6er9-2 2git-1 1fzj-d 3fhi-d 3vxo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Phosphotransferase

ヘテロ分子

50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.000, 77.050, 105.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Phosphotransferase /

/ Hexokinase

分子量: 50495.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A172WCE4, UniProt: U6KUE1*PLUS,

転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

#2: 糖

ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス /

ガラクトース

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2000mM Ammonium sulfate, 100mM Sodium cacodylate/Hydrochloric acid pH 6.5, 200mM Sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.988 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→45.88 Å / Num. obs: 231302 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.032 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.37→1.41 Å / R_merge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8139 / R_pim(I) all: 0.604 / Χ²: 1.19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HEX

5hex

解像度: 1.37→45.88 Å / SU ML: 0.1295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.1655

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1606	3824	1.73 %
R_work	0.1382	-	-
obs	0.1386	115691	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→45.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3541	0	12	718	4271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	3910
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	5329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0981	595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.5108	2968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.39	0.2911	127	0.3125	7213	X-RAY DIFFRACTION	87.96
1.39-1.41	0.3378	139	0.2766	7731	X-RAY DIFFRACTION	94.92
1.41-1.42	0.2512	143	0.2342	7986	X-RAY DIFFRACTION	97.73
1.42-1.45	0.2283	143	0.2048	8068	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.45-1.47	0.2325	141	0.1859	8124	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.47-1.49	0.2085	145	0.1705	8189	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.49-1.51	0.1719	143	0.1448	8137	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.51-1.54	0.1873	143	0.1326	8142	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.54-1.57	0.159	144	0.1205	8152	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.57-1.6	0.1463	143	0.1187	8100	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.6-1.63	0.1523	145	0.1159	8117	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.63-1.67	0.1729	140	0.1126	8166	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.67-1.71	0.1434	139	0.1158	8134	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.71-1.75	0.1439	146	0.1176	8157	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.75-1.8	0.1523	145	0.1235	8115	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.8-1.85	0.1532	143	0.125	8134	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.85-1.91	0.1522	145	0.12	8167	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.91-1.98	0.1187	145	0.1204	8124	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.98-2.06	0.1646	142	0.1213	8139	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.06-2.15	0.1442	141	0.1203	8108	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.15-2.26	0.1732	145	0.1301	8138	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.26-2.4	0.147	141	0.1326	8070	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.4-2.59	0.1793	140	0.1371	8008	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.59-2.85	0.1787	144	0.1416	8178	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.85-3.26	0.187	140	0.1417	8118	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.26-4.11	0.1332	145	0.1357	8098	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.11-45.88	0.1481	127	0.1524	7813	X-RAY DIFFRACTION	95.54

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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