+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k21 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pyrophosphatase from Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | Inorganic pyrophosphatase無機ピロホスファターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Pyrophosphatase from Acinetobacter baumannii | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Su, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019 タイトル: Crystal Structures of Pyrophosphatase from Acinetobacter baumannii: Snapshots of Pyrophosphate Binding and Identification of a Phosphorylated Enzyme Intermediate. 著者: Si, Y. / Wang, X. / Yang, G. / Yang, T. / Li, Y. / Ayala, G.J. / Li, X. / Wang, H. / Su, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k21.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6k21.ent.gz | 36.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k21 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19503.141 Da / 分子数: 1 / 変異: A139S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ppa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: N9S5K0, UniProt: A0A333SMX2*PLUS, 無機ピロホスファターゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
由来についての詳細 | The protein was from a strain of Acinetobacter baumannii from a hospital. The sequence reference ...The protein was from a strain of Acinetobacter baumannii from a hospital. The sequence reference used is from a different species Acinetobacter ursingii NIPH 706. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: malic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.9 Å / Num. obs: 21726 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1576 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.897 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.11 Å2 / Biso mean: 25.6826 Å2 / Biso min: 10.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→19.897 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|