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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jt1 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of human soluble guanylate cyclase in the heme oxidised state | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / soluble guanylate cyclase | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / guanylate cyclase / guanylate cyclase complex, soluble / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase ...retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / guanylate cyclase / guanylate cyclase complex, soluble / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / relaxation of vascular associated smooth muscle / adenylate cyclase activity / blood circulation / cellular response to nitric oxide / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / cGMP-mediated signaling / Smooth Muscle Contraction / GABA-ergic synapse / nitric oxide mediated signal transduction / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / regulation of blood pressure / Hsp90 protein binding / signaling receptor activity / glutamatergic synapse / heme binding / protein-containing complex binding / GTP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Kang, Y. / Liu, R. / Wu, J.-X. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structural insights into the mechanism of human soluble guanylate cyclase. 著者: Yunlu Kang / Rui Liu / Jing-Xiang Wu / Lei Chen / 要旨: Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary sensor of nitric oxide. It has a central role in nitric oxide signalling and has been implicated in many essential physiological processes and disease ...Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary sensor of nitric oxide. It has a central role in nitric oxide signalling and has been implicated in many essential physiological processes and disease conditions. The binding of nitric oxide boosts the enzymatic activity of sGC. However, the mechanism by which nitric oxide activates the enzyme is unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the human sGCα1β1 heterodimer in different functional states. These structures revealed that the transducer module bridges the nitric oxide sensor module and the catalytic module. Binding of nitric oxide to the β1 haem-nitric oxide and oxygen binding (H-NOX) domain triggers the structural rearrangement of the sensor module and a conformational switch of the transducer module from bending to straightening. The resulting movement of the N termini of the catalytic domains drives structural changes within the catalytic module, which in turn boost the enzymatic activity of sGC. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jt1.cif.gz | 231 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jt1.ent.gz | 177.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jt1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jt1_validation.pdf.gz | 798.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6jt1_full_validation.pdf.gz | 815.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6jt1_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jt1_validation.cif.gz | 53.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/6jt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/6jt1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77566.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: AAH28384.1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUCY1A1, GUC1A3, GUCSA3, GUCY1A3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q02108, guanylate cyclase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 70599.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUCY1B1, GUC1B3, GUCSB3, GUCY1B3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q02153, guanylate cyclase |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human soluble guanylate cyclase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 379909 / 対称性のタイプ: POINT |