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- PDB-6jcm: Crystal structure of ligand-free Rv0187. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jcm
タイトルCrystal structure of ligand-free Rv0187.
要素Probable O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / O-Methyltransferase / MTB / COMT (カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ) / Rossmann
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol O-methyltransferase activity / : / : / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / メチル化 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Kim, J. / Lee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016R1D1A1B03930716 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical characterization of Rv0187, an O-methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Lee, S. / Kang, J. / Kim, J.
履歴
登録2019年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable O-methyltransferase
B: Probable O-methyltransferase
C: Probable O-methyltransferase
D: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7748
ポリマ－104,5384
非ポリマー2364
水1,910106
1
A: Probable O-methyltransferase
B: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3874
ポリマ－52,2692
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
2
C: Probable O-methyltransferase
D: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3874
ポリマ－52,2692
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.333, 94.262, 125.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A4 - 218
2010B4 - 218
1020A4 - 218
2020C4 - 218
1030A4 - 218
2030D4 - 218
1040B4 - 218
2040C4 - 218
1050B4 - 218
2050D4 - 218
1060C4 - 218
2060D4 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Probable O-methyltransferase


分子量: 26134.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0187 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O07431
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 57861 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.263 / Χ2: 2.247 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.08-2.126.11.74928090.4770.7351.9041.57297.9
2.12-2.157.11.57128590.5490.6211.6931.56898.6
2.15-2.27.41.19428550.6840.4641.2841.6798.5
2.2-2.247.41.10328420.730.431.1861.7298.3
2.24-2.297.41.03228490.7680.4021.111.76598.5
2.29-2.347.30.86328680.8290.3370.9291.77698.7
2.34-2.47.30.79628480.8010.3110.8571.80798.6
2.4-2.477.20.79428730.820.3130.8551.83298.5
2.47-2.547.20.65928720.8650.260.711.88698.4
2.54-2.627.20.50128460.9250.1980.541.92398.6
2.62-2.717.10.41928720.9460.1660.4522.06998.6
2.71-2.827.10.37228780.9570.1480.4012.08898.6
2.82-2.9570.30128640.9650.120.3242.23298
2.95-3.116.90.2428880.9790.0960.2592.40398.4
3.11-3.36.80.20328700.9840.0820.222.60898.2
3.3-3.566.60.15229070.9910.0620.1652.96598.5
3.56-3.916.50.12229370.9940.0510.1333.33899.2
3.91-4.486.50.10429790.9960.0440.1133.49899.8
4.48-5.6470.09629970.9970.0390.1043.28599.9
5.64-506.80.08431480.9960.0350.0913.08299

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dul

3dul


解像度: 2.08→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.604 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 2966 5.1 %RANDOM
Rwork0.2034 ---
obs0.2048 54831 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.58 Å2 / Biso mean: 26.919 Å2 / Biso min: 12.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6276 0 16 106 6398
Biso mean--29.58 25.78 -
残基数----860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.638721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4011.57514111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5185856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7620.712323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.37615940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7691562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021362
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A62830.1
12B62830.1
21A64260.05
22C64260.05
31A63490.09
32D63490.09
41B63030.09
42C63030.09
51B63730.06
52D63730.06
61C63280.08
62D63280.08
LS精密化 シェル解像度: 2.081→2.135 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 241 -
Rwork0.279 3907 -
all-4148 -
obs--96.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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