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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jat | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SETD3 bound to Actin peptide and SFG | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SET domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / ダイナクチン / histone H3K36 methyltransferase activity / myosin filament / histone H3K4 methyltransferase activity / mesenchyme migration ...protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / ダイナクチン / histone H3K36 methyltransferase activity / myosin filament / histone H3K4 methyltransferase activity / mesenchyme migration / positive regulation of muscle cell differentiation / Smooth Muscle Contraction / filopodium / muscle contraction / cell periphery / PKMTs methylate histone lysines / lamellipodium / cell body / actin binding / blood microparticle / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / クロマチン / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.713 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Zheng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of SETD3 bound to Actin peptide and SFG 著者: Li, H. / Zheng, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jat.cif.gz | 211.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jat.ent.gz | 166.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/6jat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/6jat | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3smtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 57223.000 Da / 分子数: 2 / 断片: SETD3 protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD3, C14orf154 / プラスミド: pSUMOH10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q86TU7, ヒストンメチルトランスフェラーゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2573.942 Da / 分子数: 2 / 断片: Actin peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesized peptide 60-81 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63267 |
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-非ポリマー , 4種, 92分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-EPE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 % / Mosaicity: 0.778 ° / Mosaicity esd: 0.006 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M HEPES/Sodium hydroxide, 0.2 M Ammonium sulfate, 20% PEG 8000, 10% 2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月29日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 38336 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 0.862 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 370511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.545
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SMT 解像度: 2.713→49.74 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 93.45 Å2 / Biso mean: 46.2428 Å2 / Biso min: 24.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.713→49.74 Å
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