PDB-6j9t: Complex structure of Lactobacillus casei lactate dehydrogenase wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j9t

タイトル

Complex structure of Lactobacillus casei lactate dehydrogenase with fructose-1,6-bisphosphate

要素

L-lactate dehydrogenase

乳酸脱水素酵素

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

乳酸脱水素酵素 /

L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Arai, K. / Miyanaga, A. / Uchikoba, H. / Fushinobu, S. / Taguchi, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of penta mutant of L-lactate dehydrogenase from Lactobacillus casei
著者: Arai, K. / Miyanaga, A. / Uchikoba, H. / Fushinobu, S. / Taguchi, H.

履歴

登録	2019年1月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2019年2月6日	ID: 3VKV
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j9t.cif.gz	708.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j9t.ent.gz	593.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j9sC 6j9uC 6jmlC 2zqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zqz-1 6jml-2 6jml-1 6j9u-2 6j9u-1 2zqz-2 1pze-1 6vdh-1 6vdi-1 4lmr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

C: L-lactate dehydrogenase

D: L-lactate dehydrogenase

E: L-lactate dehydrogenase

F: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

215 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-lactate dehydrogenase

D: L-lactate dehydrogenase

E: L-lactate dehydrogenase

F: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.250, 83.582, 180.094
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ALA	ALA	A	A	3 - 316	3 - 316
2	1	SER	SER	ALA	ALA	B	B	3 - 316	3 - 316
1	2	SER	SER	ASP	ASP	A	A	3 - 315	3 - 315
2	2	SER	SER	ASP	ASP	C	C	3 - 315	3 - 315
1	3	ILE	ILE	ALA	ALA	A	A	4 - 316	4 - 316
2	3	ILE	ILE	ALA	ALA	D	D	4 - 316	4 - 316
1	4	ILE	ILE	ALA	ALA	A	A	4 - 316	4 - 316
2	4	ILE	ILE	ALA	ALA	E	E	4 - 316	4 - 316
1	5	SER	SER	ALA	ALA	A	A	3 - 316	3 - 316
2	5	SER	SER	ALA	ALA	F	F	3 - 316	3 - 316
1	6	SER	SER	PHE	PHE	B	B	3 - 317	3 - 317
2	6	SER	SER	PHE	PHE	C	C	3 - 317	3 - 317
1	7	ILE	ILE	ALA	ALA	B	B	4 - 316	4 - 316
2	7	ILE	ILE	ALA	ALA	D	D	4 - 316	4 - 316
1	8	ILE	ILE	PHE	PHE	B	B	4 - 317	4 - 317
2	8	ILE	ILE	PHE	PHE	E	E	4 - 317	4 - 317
1	9	SER	SER	ALA	ALA	B	B	3 - 318	3 - 318
2	9	SER	SER	ALA	ALA	F	F	3 - 318	3 - 318
1	10	ILE	ILE	PHE	PHE	C	C	4 - 317	4 - 317
2	10	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	4 - 317	4 - 317
1	11	ILE	ILE	PHE	PHE	C	C	4 - 317	4 - 317
2	11	ILE	ILE	PHE	PHE	E	E	4 - 317	4 - 317
1	12	SER	SER	PHE	PHE	C	C	3 - 317	3 - 317
2	12	SER	SER	PHE	PHE	F	F	3 - 317	3 - 317
1	13	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	4 - 317	4 - 317
2	13	ILE	ILE	PHE	PHE	E	E	4 - 317	4 - 317
1	14	ILE	ILE	ALA	ALA	D	D	4 - 316	4 - 316
2	14	ILE	ILE	ALA	ALA	F	F	4 - 316	4 - 316
1	15	ILE	ILE	PHE	PHE	E	E	4 - 317	4 - 317
2	15	ILE	ILE	PHE	PHE	F	F	4 - 317	4 - 317

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質

L-lactate dehydrogenase /

乳酸脱水素酵素 / L-LDH

分子量: 35570.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393 (バクテリア)
遺伝子: ldh, LBCZ_2323 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S6C1Z0,

乳酸脱水素酵素

#2: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#3: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸 /

フルクトース-1,6-ビスリン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 100mM sodium citrate, 200mM potassium sodium tartrate, 1.6M ammonium sulfate, 2mM fructose-1,6-bisphosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 67283 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / R_merge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9734 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZQZ

2zqz

解像度: 2.7→41.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 21.348 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.869 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2262	3405	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19556	-	-	-
obs	0.19712	63871	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.735 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	-0 Å²	0.15 Å²
2-	-	0.15 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→41.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14375	0	90	110	14575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	14715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	14288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.97	19981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.28	3	32938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.77	5	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.125	25.486	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.728	15	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.279	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	16518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19472	0.06
1	2	B	19472	0.06
2	1	A	19312	0.07
2	2	C	19312	0.07
3	1	A	19256	0.08
3	2	D	19256	0.08
4	1	A	18961	0.07
4	2	E	18961	0.07
5	1	A	19501	0.06
5	2	F	19501	0.06
6	1	B	19457	0.07
6	2	C	19457	0.07
7	1	B	19254	0.08
7	2	D	19254	0.08
8	1	B	19137	0.07
8	2	E	19137	0.07
9	1	B	19763	0.07
9	2	F	19763	0.07
10	1	C	19297	0.08
10	2	D	19297	0.08
11	1	C	18983	0.07
11	2	E	18983	0.07
12	1	C	19448	0.07
12	2	F	19448	0.07
13	1	D	19170	0.08
13	2	E	19170	0.08
14	1	D	19371	0.08
14	2	F	19371	0.08
15	1	E	19256	0.06
15	2	F	19256	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	262	-
R_work	0.279	4664	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8909	0.0471	-0.4872	0.1428	-0.174	1.2045	0.0014	-0.2278	0.3144	-0.0404	0.023	-0.0043	-0.2054	0.356	-0.0245	0.1627	-0.0896	-0.0861	0.1594	-0.0468	0.1727	15.696	10.836	183.664
2	0.7893	-0.1294	-0.4297	0.3249	-0.1712	1.3038	-0.1783	0.1525	0.0671	-0.033	0.0803	-0.0653	0.2163	-0.1059	0.098	0.1757	-0.0791	-0.0208	0.1186	0.0104	0.0303	0.443	-8.777	159.55
3	0.3348	-0.2366	-0.1744	0.3388	0.4415	1.2297	0.0726	-0.0612	-0.0127	0.0489	-0.0466	-0.016	0.4473	-0.2356	-0.0261	0.3304	-0.1403	-0.037	0.1498	0.0381	0.0178	37.738	-9.577	125.142
4	0.5577	0.0794	0.3578	0.5375	0.0464	0.9449	-0.0451	0.0087	0.0811	-0.001	0.0189	-0.089	-0.0562	0.1768	0.0262	0.1094	-0.0016	-0.0187	0.1532	-0.0114	0.0686	61.906	22.801	117.423
5	0.3462	-0.0448	0.29	0.509	0.3683	1.1975	0.0569	-0.1021	0.057	-0.1481	-0.146	0.0303	0.0273	-0.1812	0.089	0.157	0.0238	-0.0501	0.1365	-0.0326	0.041	31.554	12.756	99.901
6	0.1903	0.1613	0.4934	0.5231	0.4797	1.6378	0.0021	-0.2342	0.0875	-0.0694	-0.1835	0.0335	0.0736	-0.4629	0.1814	0.0652	-0.0094	-0.0042	0.3843	-0.1212	0.0501	36.366	22.402	140.954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 316
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 317
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 317
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	4 - 317
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	401
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 318
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	401

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)