+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ijo | |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Photosystem I of Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem / Antenna / Supercomplex / green alga | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Pan, X. / Ma, J. / Su, X. / Liu, Z. / Zhang, X. / Li, M. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 10件
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019 タイトル: Antenna arrangement and energy transfer pathways of a green algal photosystem-I-LHCI supercomplex. 著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xiaowei Pan / Xuelin Zhao / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: During oxygenic photosynthesis, photosystems I and II (PSI and PSII) are essential for light-driven electron transport. Excitation energy transfer in PSI occurs extremely quickly, making it an ...During oxygenic photosynthesis, photosystems I and II (PSI and PSII) are essential for light-driven electron transport. Excitation energy transfer in PSI occurs extremely quickly, making it an efficient energy converter. In the alga Chlamydomonas reinhardtii (Cr), multiple units of light-harvesting complex I (LHCI) bind to the PSI core and function as peripheral antennae, forming a PSI-LHCI supercomplex. CrPSI-LHCI shows significantly larger antennae compared with plant PSI-LHCI while maintaining highly efficient energy transfer from LHCI to PSI. Here, we report structures of CrPSI-LHCI, solved by cryo-electron microscopy, revealing that up to ten LHCIs are associated with the PSI core. The structures provide detailed information about antenna organization and pigment arrangement within the supercomplexes. Highly populated and closely associated chlorophylls in the antennae explain the high efficiency of light harvesting and excitation energy transfer in CrPSI-LHCI. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ijo.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ijo.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ijo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ijo_validation.pdf.gz | 16.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6ijo_full_validation.pdf.gz | 17.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ijo_validation.xml.gz | 254.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ijo_validation.cif.gz | 305.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ijo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ijo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 20種, 21分子 ABCDEFGHIKL1a34567829
#1: タンパク質 | 分子量: 83239.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P12154*PLUS | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 82184.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P09144*PLUS | ||||||||||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 8869.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q00914*PLUS | ||||||||||||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 27298.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q39615*PLUS | ||||||||||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 16221.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P12352*PLUS | ||||||||||||||||
#6: タンパク質 | 分子量: 24088.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P12356*PLUS | ||||||||||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 16720.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P14224*PLUS | ||||||||||||||||
#8: タンパク質 | 分子量: 17097.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P13352*PLUS | ||||||||||||||||
#9: タンパク質 | 分子量: 10586.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IFG7*PLUS | ||||||||||||||||
#11: タンパク質 | 分子量: 16412.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P14225*PLUS | ||||||||||||||||
#12: タンパク質 | 分子量: 27203.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IL32*PLUS | ||||||||||||||||
#13: タンパク質 | 分子量: 26135.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q05093*PLUS #14: タンパク質 | | 分子量: 32629.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8JF10*PLUS #15: タンパク質 | | 分子量: 31462.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8I000*PLUS #16: タンパク質 | | 分子量: 30151.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VY8*PLUS #17: タンパク質 | | 分子量: 35122.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VY6*PLUS #18: タンパク質 | | 分子量: 26248.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VY4*PLUS #19: タンパク質 | | 分子量: 29178.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VY7*PLUS #20: タンパク質 | | 分子量: 24947.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IKC8*PLUS #21: タンパク質 | | 分子量: 22867.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8ITV3*PLUS |
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 JX
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4750.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P59777*PLUS |
---|---|
#22: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1866.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-糖 , 2種, 9分子
#28: 糖 | ChemComp-LMU / #30: 糖 | |
---|
-非ポリマー , 9種, 324分子
#23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-LHG / #26: 化合物 | ChemComp-BCR / #27: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-LMG / #31: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #32: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #33: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Chlamydomonas reinhardtii PSI with ten light harvesting antennae タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17420 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|