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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iey | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Chloramphenicol-Metabolizaing Enzyme EstDL136-Chloramphenicol complex | ||||||||||||
要素 | Esteraseエステラーゼ | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Chloramphenicol (クロラムフェニコール) / metagenome (メタゲノミクス) / hornome sensitive lipase / HSL / EstDL136 / esterase (エステラーゼ) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | uncultured bacterium (環境試料) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.097 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kim, S.H. / Kang, P.A. / Han, K.T. / Lee, S.W. / Rhee, S.K. | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of chloramphenicol-metabolizing enzyme EstDL136 from a metagenome. 著者: Kim, S.H. / Kang, P.A. / Han, K.T. / Lee, S.W. / Rhee, S.K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iey.cif.gz | 131.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iey.ent.gz | 101.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iey | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34213.297 Da / 分子数: 2 / 変異: catalytic inactive mutant S156A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: To make EstDL136 crystal, internal residues from P37 to P39 were deleted 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: estDL136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: G3CR02, カルボキシルエステラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CLM / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 500mM Ammonium fluoride (pH6.5), 30% PEG 3350, 5% glyceol and 120mM TCEP. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.093→50 Å / Num. obs: 46963 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 263 |
反射 シェル | 解像度: 2.093→2.18 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.097→29.04 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.097→29.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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