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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ica | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of Legionella pneumophila LapA aminopeptidase | |||||||||
要素 | Aminopeptidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Legionella pneumophila / aminopeptidase / type II secretion / catalytic activity | |||||||||
機能・相同性 | Peptidase M28 family / metalloexopeptidase activity / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / aminopeptidase activity / proteolysis / ACETATE ION / Aminopeptidase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å | |||||||||
データ登録者 | Honghua, G. / Nannan, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of Legionella pneumophila LapA aminopeptidase 著者: Honghua, G. / Nannan, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ica.cif.gz | 460.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ica.ent.gz | 377.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ica.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ica_validation.pdf.gz | 485.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ica_full_validation.pdf.gz | 495.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ica_validation.xml.gz | 46.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ica_validation.cif.gz | 67.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/6ica ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/6ica | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5gneS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 48227.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2814 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZRR6 |
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-非ポリマー , 5種, 666分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97876 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97876 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.195→50 Å / Num. obs: 69504 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 3400 / CC1/2: 0.829 / Rpim(I) all: 0.247 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GNE 解像度: 2.195→34.518 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.17
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.195→34.518 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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