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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ia6 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the bacterial Dehalococcoides mccartyi Elp3 with desulfo-CoA | |||||||||
要素 | ELP3 family, ELP3 family | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / tRNA binding (転移RNA) / Elongator complex / non-canonical acetyltransferase / acetyl-CoA hydrolysis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / tRNA acetylation / tRNA wobble uridine modification / S-adenosyl-L-methionine binding / iron-sulfur cluster binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dehalococcoides mccartyi BTF08 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Lin, T.Y. / Glatt, S. | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: The Elongator subunit Elp3 is a non-canonical tRNA acetyltransferase. 著者: Lin, T.Y. / Abbassi, N.E.H. / Zakrzewski, K. / Chramiec-Glabik, A. / Jemiola-Rzeminska, M. / Rozycki, J. / Glatt, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ia6.cif.gz | 154.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ia6.ent.gz | 121.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ia6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ia6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ia6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49940.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Dehalococcoides mccartyi Elp3 and desulfo-CoA 由来: (組換発現) Dehalococcoides mccartyi BTF08 (バクテリア) 遺伝子: btf_573 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1C7D1B7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DCA / |
#3: 化合物 | ChemComp-FES / |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.3 and 4% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 15372 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 9.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Rrim(I) all: 2.099 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5L7L 解像度: 2.7→43.305 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.48
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.305 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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