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万見
- PDB-6i8r: Crystal structure of an ancient sequence-reconstructed Elongation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8r
タイトルCrystal structure of an ancient sequence-reconstructed Elongation factor Tu (node 170)
要素Elongation Factor TuEF-Tu
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Protein Synthesis (タンパク質生合成) / Elongation Factor / Sequence reconstruction / ancient protein
機能・相同性Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Βバレル / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Majumdar, S. / Bergfors, T. / Sanyal, S.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2014-4423 スウェーデン
Swedish Research Council2016-06264 スウェーデン
Wenner-Gren FoundationUPD 2017-0238 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2017.0055 スウェーデン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ancient sequence-reconstructed Elongation factor Tu (node 170)
著者: Majumdar, S. / Bergfors, T. / Sanyal, S.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation Factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3383
ポリマ－43,8711
非ポリマー4682
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.225, 73.956, 115.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Elongation Factor Tu / EF-Tu


分子量: 43870.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium Chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.42 Å / Num. obs: 33564 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 325593
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.059.61.59623910.7240.5341.68696.5
8.93-45.4280.0314470.9990.0120.03398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DG1

1dg1


解像度: 2→45.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 8.351 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2417 1723 5.1 %RANDOM
Rwork0.1923 ---
obs0.1949 31782 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 263.76 Å2 / Biso mean: 66.933 Å2 / Biso min: 43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.78 Å20 Å20 Å2
2--9.19 Å2-0 Å2
3----5.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 29 242 3071
Biso mean--64.49 82.68 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9831.9833910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12236379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6615363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27823.984123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.27215490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3941521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02604
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 111 -
Rwork0.418 2271 -
all-2382 -
obs--96.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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