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万見
- PDB-6i8a: The crystal structure of the Pol2 catalytic domain of DNA polymer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8a
タイトルThe crystal structure of the Pol2 catalytic domain of DNA polymerase epsilon carrying a P301R substitution.
要素
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • Primer DNA
  • Template DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA (デオキシリボ核酸) / Pol2 / P301R / P286R / cancer (悪性腫瘍) / endometrial / Pol epsilon
機能・相同性
機能・相同性情報


遺伝子変換 / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / SUMO binding / DNA replication proofreading / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling ...遺伝子変換 / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / SUMO binding / DNA replication proofreading / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / DNA複製 / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily ...DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.652 Å
データ登録者Parkash, V. / Johansson, E.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2011.0042 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural consequence of the most frequently recurring cancer-associated substitution in DNA polymerase epsilon.
著者: Parkash, V. / Kulkarni, Y. / Ter Beek, J. / Shcherbakova, P.V. / Kamerlin, S.C.L. / Johansson, E.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
P: Primer DNA
T: Template DNA
B: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
C: Primer DNA
D: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,88814
ポリマ－290,6346
非ポリマー1,2548
水1086
1
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
P: Primer DNA
T: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,9447
ポリマ－145,3173
非ポリマー6274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area49530 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
C: Primer DNA
D: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,9447
ポリマ－145,3173
非ポリマー6274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area49370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.466, 70.257, 159.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.850, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA polymerase II subunit A


分子量: 137134.562 Da / 分子数: 2 / 変異: P301R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21951, DNAポリメラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 PCTD

#2: DNA鎖 Primer DNA


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Template DNA


分子量: 4889.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP / デオキシアデノシン三リン酸


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 50mM MES pH 6.5, 150mM NaAc, 8%PEG20K / PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射モノクロメーター: Si (111) Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→19.957 Å / Num. obs: 91152 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.422 % / Biso Wilson estimate: 72.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 10.23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.813.4541.2030.89140070.5691.42594.5
2.81-3.013.4840.6441.7142030.8090.76299.7
3.01-3.253.3750.3433.12128340.9430.40899.7
3.25-3.553.5150.1596.63115910.9890.18899.6
3.55-3.973.310.09311.35108350.9940.11199.4
3.97-4.583.5080.05219.1895570.9980.06299.6
4.58-5.63.360.0423.1981170.9980.04899.4
5.6-7.863.3450.03524.2163270.9990.04299.4
7.86-19.9573.30.0235.5336810.9990.02498.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4m8o

4m8o


解像度: 2.652→19.957 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 4564 5.04 %
Rwork0.2289 --
obs0.2315 90534 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.46 Å2 / Biso mean: 78.0084 Å2 / Biso min: 41.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.652→19.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16938 1055 66 6 18065
Biso mean--55.97 72.44 -
残基数----2251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6519-2.68190.41361150.39342290240579
2.6819-2.71340.46171420.38072821296397
2.7134-2.74640.37151710.36172805297699
2.7464-2.78110.3741540.3482880303499
2.7811-2.81760.4141520.348328953047100
2.8176-2.85610.37721480.34428422990100
2.8561-2.89680.39011630.316828963059100
2.8968-2.93990.34791420.318928743016100
2.9399-2.98570.36461550.309228362991100
2.9857-3.03440.31791450.31322914305999
3.0344-3.08660.37291590.30322849300899
3.0866-3.14250.31581480.292728823030100
3.1425-3.20270.30851320.29072903303599
3.2027-3.26780.38961430.28872880302399
3.2678-3.33850.3221650.279429093074100
3.3385-3.41580.2991400.253228302970100
3.4158-3.50080.29871610.24612881304299
3.5008-3.59490.29371580.241128733031100
3.5949-3.70010.30571630.24642892305599
3.7001-3.81870.31141370.24842862299999
3.8187-3.95420.30591440.22952919306399
3.9542-4.11120.25241550.220228693024100
4.1112-4.29650.25411430.204329093052100
4.2965-4.52050.25421640.190328773041100
4.5205-4.80010.25071430.187129413084100
4.8001-5.16470.23311480.195729153063100
5.1647-5.67360.25691570.192929243081100
5.6736-6.470.29311690.210229393108100
6.47-8.06110.24651730.19712920309399
8.0611-19.95770.18931750.16052943311897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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