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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i74 | ||||||
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タイトル | Galectin-3C in complex with substituted polyfluoroaryl monothiogalactoside derivative 1 | ||||||
要素 | Galectin-3ガレクチン3 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN (レクチン) / CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / GALACTOSE-SPECIFIC LECTIN 3 / GALACTOSIDE-BINDING PROTEIN / GALBP / IGE-6 BINDING PROTEIN / L-31 / LAMININ-BINDING PROTEIN / LECTIN L-29 / MAC-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / IgE binding / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / eosinophil chemotaxis ...negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / IgE binding / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive chemotaxis / macrophage chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / 免疫シナプス / laminin binding / epithelial cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / 好中球 / RNA splicing / secretory granule membrane / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / 転写後修飾 / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / protein phosphatase binding / ミトコンドリア内膜 / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.959 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, R. / Peterson, K. / Nilsson, U.J. / Logan, D.T. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2019 タイトル: Substituted polyfluoroaryl interactions with an arginine side chain in galectin-3 are governed by steric-, desolvation and electronic conjugation effects. 著者: Kumar, R. / Peterson, K. / Misini Ignjatovic, M. / Leffler, H. / Ryde, U. / Nilsson, U.J. / Logan, D.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i74.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i74.ent.gz | 86 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6i74.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i74 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 113-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931 |
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#2: 化合物 | ChemComp-H5Z / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris/HCl pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 0.4 M NaSCN, 7.9 mM beta-mercaptoethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月3日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.959→26.24 Å / Num. obs: 77623 / % possible obs: 94.39 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 7.39 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04265 / Rpim(I) all: 0.01922 / Net I/av σ(I): 24.15 / Net I/σ(I): 24.15 |
反射 シェル | 解像度: 0.959→0.9938 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.207 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.7081 / % possible all: 78.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3ZSL 解像度: 0.959→27.574 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.959→27.574 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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