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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hp0 | |||||||||
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タイトル | Complex of Neuraminidase from H1N1 Influenza Virus in Complex with Oseltamivir Triazol Derivative | |||||||||
要素 | Neuraminidaseノイラミニダーゼ | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / influenza (インフルエンザ) / complex / inhibitor (酵素阻害剤) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | |||||||||
データ登録者 | Pachl, P. / Pokorna, J. | |||||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019 タイトル: Investigation of flexibility of neuraminidase 150-loop using tamiflu derivatives in influenza A viruses H1N1 and H5N1. 著者: Zima, V. / Albinana, C.B. / Rojikova, K. / Pokorna, J. / Pachl, P. / Rezacova, P. / Hudlicky, J. / Navratil, V. / Majer, P. / Konvalinka, J. / Kozisek, M. / Machara, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hp0.cif.gz | 355.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hp0.ent.gz | 285.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hp0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/6hp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/6hp0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6g02S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 42727.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Texas/17/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: C6KP13, ノイラミニダーゼ |
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-糖 , 4種, 12分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 1441分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | ChemComp-GJT / ( #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | ChemComp-PGE / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→48.43 Å / Num. obs: 162570 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 9.24 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 26059 / CC1/2: 0.723 / Rrim(I) all: 0.558 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6G02 解像度: 1.88→48.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.816 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.873 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.88→48.34 Å
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拘束条件 |
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